Nueva téoria de la evolución
Commentaries to “Evolution's Next Stage”
lunes, abril 15, 2013, 03:06 AM
i60b Commentaries to “Evolution's Next Stage”, April 15 2013

The following is a transcription of the article “Evolution's Next Stage” published by Discover magazine from the March 2013 issue, written by Steven Kotler. My commentaries are in parenthesis.

Driven by technological advances, humans are changing faster than ever. Coming soon: Our next stage, Homo evolutus.

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Evolution is like a search engine, though not a very good one. We’re not talking Google. We might be talking Google drunk, blindfolded, on crutches, and with a frontal lobotomy.

This is why the Nobel laureate François Jacob described evolution as a tinkerer, not an engineer. Engineers know where they’re going—they have an aim, a plan. Tinkerers are just fastening parts together, sticking this bit onto that in an ongoing exploration of functional possibilities, with no goal in mind.

(Evolution is the cumulus of changes, it is history.

The guideline of evolution is the pattern of changes.

A wrong pattern of changes send us to the reality that we could be talking of a “Google drunk, blindfolded, on crutches, and with a frontal lobotomy”.

This is why the Nobel laureate François Jacob described evolution as a tinkerer, not an engineer. Engineers know where they’re going—they have an aim, a plan. Tinkerers are just fastening parts together, sticking this bit onto that in an ongoing exploration of functional possibilities, with no goal in mind. Example of all this is the search of fossils partially human and partially simian. If the original concept is a pattern of changes that shows an ape evolving into a human being and this pattern of changes is wrong, then, all work done based on this concept is wrong. We are talking of more than 150 years of misinforming people, wasting without mercy time and money for being obstinate in the wrong pattern of changes.

The pattern of changes in my theory is one easy and verifiable:

Evolution is repeated in the processes of the ovaries, testicles and spawn and in the processes of gestation each species according to its own. If you want to put it in other words try this one: Evolution is repeated in the processes of reproduction of each species. A summary of this theory you can read it in my response, in this same blog, to Richard Dawkins´s article “The Angry Evolutionist”.

With this theory there is not resignation, there is not pessimism, you do not come out with “what we have is not good but it is the best we have”, as many scientists have said. Neither do you express the pessimism of fossil searchers when they say “The common trunk does not exist and maybe not even a bush”).

The insight that the evolutionary search engine proceeds blindly, and therefore gradually, came from Charles Darwin. He realized that because resources are often scarce, organisms are always in competition with one another. In the endless battle, those individuals who happen to possess some slight innate advantage will flourish and pass along that advantage to their descendants. By this method, new species could be created, one imperfect change at a time, but this process certainly was not going to happen quickly.

(The new species are never created derived of others. They are generated microscopically. Occasionally the species evolve [are modified] dramatically, but they keep on being the same species: a caterpillar [the silk worm] envelops itself in a pupa and later comes out of it as flying insect. It is the same species greatly evolved. A new species was not generated. The ediacarans were transformed in species traceable to the present in the Triassic, but they are not new species. They are the same species as before but evolved to an unrecognizable extent. In each species the transformation of an individual was in one generation, but the whole species could take a long time).

Historically, only a tremendous geological shift, like a meteorite impact or an ice age, has broadly sped up the process. What these shifts provide is a wedge that opens up novel ecological niches, new possibilities for the search engine of evolution to explore. This fits-and starts hypothesis [pdf], what evolutionary theorists Stephen J. Gould and Niles Eldredge dubbed “punctuated equilibrium” in 1972, helps explain the seemingly sudden appearance of new species in the fossil record.

(Although the tremendous geological shifts, like meteorites impacts or ice ages broadly sped up the processes of changes, the little changes day by day (and for that reason more important) generate the diversity within the species. For example: In Discover’s blog “Not Exactly Rocket Science” it was published on December 5th, 2012 the article “The Catfish that strands itself to kill pigeons” lets us know that in Southwestern France, as the River Tarn winds through the city of Albi, the European catfish 1 to 1.5 meters long on the gravel beach of a small island have learned how to kill birds, lunging out of the water, grabbing a pigeon, and then wriggling back into the water to swallow their prey. If this practice sticks beyond generations, this fish could adapt itself and become a specific variety of catfish without any geological change. The article also lets us know other species with this strange behavior. Among them are the bottlenose dolphins from South Carolina, which drive small fish onto beaches and Argentinian killer whales, which swim onto beaches to snag resting sealions.

The seemingly sudden appearance of “new species” in the triassic fossil record is not the appearance of new species but the evolution of previously existent species through drastic changes).

But really, there is nothing all that sudden about it. According to researchers, those periods of punctuation span roughly 50,000 to 100,000 years. Fossils just don’t keep very good records.

(In the specific case of the ediacarans it was of several hundred thousand years).

Mostly, natural selection is a plodder’s game. Sure, one individual might be significantly taller or smarter or more long-lived than his peers, but no matter how beneficial the variation, extremely long stretches of time are required for it to spread across an entire population.

(To begin with, if natural selection would function a forest would end with only one tree species and with that it would direct itself to destruction the day that a plague would appear that the tree species could not tackle. If the plague destroys one tree it would destroy the complete forest, ending as a desert. The rule that does function is the equilibrium. The strength of a lion is not comparable to the strength of a gazelle. But thanks to the speed of the gazelle, not all the occasions of encounters the gazelle ends in the lion’s stomach. The more success a lion has the sooner it will not have gazelles to eat. At the end the equilibrium is restored. We have destroyed nature’s equilibrium, we have to pay the consequences).

That was supposed to be the rule, at least.

(Rule that for more than 150 years scientists did not learn that it does not function).

Additional commentaries

My theory neither does it have to abide to the good wishes of magnificent concepts: Computing is more powerful by the day.

In the February 2005 issue of Discover magazine, Carl Zimmer wrote the article “Testing Darwin” in which the digital organisms that reproduce themselves thousands of times faster that the common bacteria, are beginning to solve some of the biggest unanswered questions about evolution. It is a magnificent article that is not pessimistic even though it is loaded with praises to Charles Darwin.

Through this medium I want to request Mr. Carl Zimmer to update us the information he has given us. Eight years have passed by since the publication of the article and with the digital organisms reproducing themselves thousands of times faster than common bacteria surely they would have answered many other questions about evolution.

Another expert on evolution via computer, electrical engineer Perry Marshall, is a joy to read for his positiveness and confidence in his work, however, he does not give us the shift pattern of evolutionary changes, leaving it elusive from origin to the present.

One of the reasons for the importance of the shift pattern is that it allows prediction. In the article "Request to Marguerite Humeau and Bart de Boer: Big Idea: Ancient Voices Bring Back to Life" we are informed that Marguerite Humeau and Bart de Boer managed to make replicas of organs that generated sounds when the fossils from which they came were alive. They managed to play the sounds that the fossil "Lucy" did when she lived. How did she sound? Like a monkey. Through this blog I requested these people to do the same job with the fossils of the Boskops to make a comparison with "Lucy", with apes of the present and of the fossil they say are precursors of man. Today I request to do their work with a human fetus that has the peculiarity of having, in proportion, 30 percent more skull capacity than a human skull of today.

My prediction is that the sound device of the Boskops and a human fetus that has the peculiarity of having, in proportion, 30 percent more capacity than a human skull of today, will sound equal or similar [due to normal differentiation between people of the same group].

Charles Darwin, given that he also gave a shift pattern predicted: whenever there will be more science, they will find that it is true what I have said. However, although there is a lot of more science, scientists are still looking for the historic time of the separation of apes and humans, without having “advanced” beyond speculating that the date is getting further into the past. The other darwinian pattern of changes runs with the same luck: A common trunk that every time it divides in branches it encounters a missing link. What is it that they have? Nothing.

The science of computing every day is more powerful, that is not put into doubt. Nevertheless, it continues being good wishes that computing will give us the solution, given that it has not meant to find the pattern of changes that reflects evolution, something that I presented 10 years ago: Evolution is repeated in the processes in ovaries, testicles and spawn, and in the processes in gestation, each species according to its own. My question: ¿What is so difficult about it? Or, ¿is it just that Charles Darwin did not say it?

A scientist that knows about embryology, the moment he or she captures the concept behind my theory is ready to participate in expanding the value added of that knowledge he or she already has, given that not only knows about embryology, but also about evolution, and he or she is ready to expand his or her knowledge to those of us who love the field of evolution.

The same happens to those who know of ancient history, linguistics, psychology and many more people. As soon as they grasp the basic concept of my theory, they can expand us our knowledge about evolution.

Available for talks over my theory

Felix Rocha-Martinez
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La siguiente etapa de la evolución
lunes, abril 15, 2013, 02:53 AM
e60b La siguiente etapa de la evolución, 15 de abril de 2013

A continuación encontrarán mi traducción del artículo Evolution’s Next Stage publicado en la edición de Marzo de 2013 de la revista Discover escrita por Steven Kotler. En paréntesis encontrarán mis comentarios.

La siguiente etapa de la evolución

Impulsados por los avances tecnológicos, los humanos estamos cambiando más rápido que nunca. Próximamente: nuestra siguiente etapa, Homo evolutus.



La evolución es como un motor de búsqueda, aunque no muy bueno. No estamos hablando de Google. Podríamos estar hablando de un “Google” borracho, con los ojos vendados, con muletas y con una lobotomía frontal.

Esta es la razón por la que el premio Nobel François Jacob describió la evolución como un pillo remendón y no un ingeniero. Los ingenieros saben a dónde van, tienen un objetivo, un plan. Los pillos remendones terminan por unir los elementos del conjunto, pegan un fragmento a otro él cuál es parte de una continua exploración de las posibilidades funcionales, sin ningún objetivo en mente.

(La evolución es el cúmulo de cambios, es historia.

La directriz de la evolución es el patrón de cambios.

Un patrón de cambios equivocado nos manda a la realidad de que pudiéramos estar hablando de un “’Google’ borracho, con los ojos vendados, con muletas y con una lobotomía frontal.

Esta es la razón por la que el premio Nobel François Jacob describió la evolución como un pillo remendón y no un ingeniero. Los ingenieros saben a dónde van, tienen un objetivo, un plan. Los pillos remendones terminan por unir los elementos del conjunto, pegan un fragmento a otro él cuál es parte de una continua exploración de las posibilidades funcionales, sin ningún objetivo en mente”. Ejemplo de todo esto es la búsqueda de fósiles parcialmente humanos y parcialmente simios. Si el concepto original es un patrón de cambios en donde se muestra a un simio evolucionando a ser humano y este patrón de cambios está equivocado, entonces todo el trabajo hecho con base a ese concepto está equivocado. Y estamos hablando de más de 150 años de estar mal informando a la gente, de desperdiciar sin misericordia tiempo y dinero por estar aferrados a un patrón de cambios equivocado.

El patrón de cambios en mi teoría es uno fácil y verificable: La evolución se repite en los procesos de ovarios, testículos y hueveras y en los procesos en la gestación cada especie de acuerdo a sí misma. Y si alguien lo quiere poner de otra manera trate esta otra: La evolución se repite en los procesos de reproducción de cada especie.

Un resumen de esta teoría la puede usted leer en mi respuesta, en este mismo blog, al escrito de Richard Dawkins “The Angry Evolutionist” [Un evolucionista enojado].

Con esta teoría no hay resignación, no hay pesimismo, no hay conque “Lo que tenemos no sirve pero es la mejor opción”, como lo han dicho muchos científicos. Tampoco se expresa el pesimismo de buscadores de fósiles cuando dicen “el tronco común no existe y a la mejor ni siquiera el arbusto”).

El “conocimiento” de que el motor de búsqueda evolucionista procede a ciegas y por lo tanto gradualmente, proviene de Carlos Darwin. Él se dio cuenta de que debido a que los recursos suelen ser escasos, los organismos siempre están en competencia unos con otros. En la batalla sin fin, los individuos que suelen poseer alguna ventaja innata leve van a florecer y pasarán esa ventaja a sus descendientes. Mediante este método, las nuevas especies pudieran ser creadas, un cambio imperfecto a la vez, pero este proceso no puede suceder rápidamente.

(Las nuevas especies nunca son creadas por derivación de otras. Son generadas microscópicamente. Las especies en ocasiones evolucionan [se modifican] dramáticamente, pero siguen siendo la misma especie: una oruga [el gusano de seda] se envuelve en una pupa y a su tiempo sale de ella como una polilla voladora. Es la misma especie evolucionada enormemente. No se generó una especie nueva. Los ediacaranes se transformaron en especies rastreables al presente en el triásico, pero las especies transformadas no son nuevas especies. Son las mismas especies anteriores pero evolucionadas de manera irreconocible. En cada especie los cambios se llevaron a cabo en un individuo de una generación a la que sigue, pero el proceso para toda la especie pudiera tardar mucho tiempo).

Históricamente, sólo un tremendo cambio geológico, como un impacto de un meteorito o una edad de hielo, en términos generales ha acelerado el proceso. Lo que estos cambios ofrecen es una cuña que abre novedosos nichos ecológicos, nuevas posibilidades para explorar del motor de búsqueda de la evolución. Esta hipótesis de lo que los teóricos evolucionistas Stephen J. Gould y Niles Eldredge en 1972 llamaron "equilibrio puntuado" ayuda a explicar la aparición aparentemente repentina de nuevas especies en el registro fósil.

(Si bien los tremendos cambios geológicos, como el impacto de un meteorito o una edad de hielo aceleran el proceso de cambios, los pequeños cambios del día con día [y por ésa razón más importantes] generan la diversidad dentro de las especies. Por ejemplo: El blog “Not Exactly Rocket Science” de Discover publicó en diciembre 5 de 2012 el artículo “The Catfish that strands itself to kill pigeons” [El pez bagre que se vara a sí mismo para matar pichones] nos da a conocer que en el suroeste de Francia al tiempo en que el río Tarn discurre por la ciudad de Albi, el bagre europeo de 1 a 1.5 metros de largo en la playa de grava de una pequeña isla aprendió a vararse momentáneamente, lanzándose fuera del agua, atrapando un pichón, sacudiéndose para regresar al agua para tragar su presa. Si la práctica se convierte en costumbre y trasciende las generaciones, el animal pudiera modificarse y convertirse en una variedad de bagre sin que hubiere cambios geológicos de por medio. El artículo también da a conocer otras especies con este extraño comportamiento. Entre ellas se encuentran los delfines “nariz de botella” en Carolina del Sur, Estados Unidos, que empujan peces a las playas, y las ballenas asesinas de Argentina que cazan leones marinos que se encuentran en playas descansando.

La aparición aparentemente repentina de “nuevas especies” en el triásico del registro fósil no es la aparición de nuevas especies sino la evolución de especies previamente existentes a través de cambios drásticos).

Pero en realidad, no hay nada de repentino al respecto. Según los investigadores, los períodos de puntuación abarcan aproximadamente 50,000 a 100,000 años. Los fósiles no llevan registros muy buenos.

(En el caso específico de los ediacaranes fue de varios cientos de miles de años).

Mayormente, la selección natural es un juego laborioso. Claro, una persona podría ser significativamente más alto o más inteligente o más longeva que sus compañeros, pero no importa los beneficios que la variación le dé, tramos muy largos de tiempo son necesarios para que se extienda a través de toda una población.

(Para comenzar, si la selección natural funcionara un bosque terminaría con una sola especie de árboles con lo que el bosque se encaminaría a su destrucción el día que apareciera una plaga a la que no pudiera enfrentar exitosamente, si destruye a un árbol los destruye a todos y terminaría el bosque convertido en desierto. La regla que si funciona es el equilibrio. La fuerza de un león no es comparable con la de una gacela. Pero gracias a la velocidad de la gacela no en todas las ocasiones de encuentros la gacela termina en el estómago del león. Entre más éxito tiene el león más pronto se acaba su comida y menos éxito tendrá a futuro. Al final se mantiene el equilibrio. Hemos destruido el equilibrio de la naturaleza, tenemos que pagar las consecuencias).

Esto se suponía que era la regla, por lo menos.

(Regla que en más de 150 años los científicos no aprendieron que no funciona).

Comentarios adicionales

Mi teoría tampoco se atiene a los buenos deseos de magníficos conceptos: La computación es cada día más poderosa.

En la edición de febrero de 2005 de la revista Discover, Carl Zimmer escribió el artículo “Testing Darwin” (Darwin a prueba) en el cual los organismos digitales que se reproducen miles de veces más rápido que la bacteria común están empezando a resolver algunas de las mayores preguntas sin contestar de la evolución. Es un magnífico artículo que no es pesimista aun cuando está cargado de alabanzas para Carlos Darwin.

Por este medio quiero pedirle a Carl Zimmer que nos actualice la información que en él nos dio. Ya pasaron 8 años de su publicación y con los organismos digitales reproduciéndose miles de veces más rápido que la bacteria común seguramente ya contestaron muchas otras preguntas sobre la evolución.

Otro experto de la evolución a través de la computación, El ingeniero electricista Perry Marshall, es una alegría leerlo por su positivismo y confianza en su trabajo, sin embargo, no nos da el patrón de cambios evolutivos, quedando estos sin concretarse del origen al presente.

Una de las razones de la importancia del patrón de cambios es que permite el vaticinio. En el artículo “Solicitud a Marguerite Humeau y a Bart de Boer: ‘Big Idea: Bring Ancient Voices Back to Life’ [Gran idea: Regresar vida a las antiguas voces]”, nos informan que la jovencita Marguerite Humeau y Bart de Boer lograron fabricar réplicas de los órganos que generaban sonidos de fósiles como cuando los seres de donde provinieron estaban vivos. Lograron reproducir los sonidos que el fósil “Lucy” hacía cuando ella vivía. ¿Qué sonidos hacía ella? Los de un mono. A través de este mismo blog les solicité a estas personas elaborar el mismo trabajo con los boskops para hacer un comparativo con “Lucy”, los simios del presente y los de fósiles que dicen son precursores del ser humano. Hoy le agrego a la solicitud que hagan su trabajo con un feto de ser humano que tenga la peculiaridad de tener, en proporción, 30 por ciento más de capacidad craneana que un ser humano del presente.

Mi vaticinio es que el aparato de hacer sonido de los boskops y el de un feto de ser humano que tenga la peculiaridad de tener en proporción 30 por ciento más de capacidad craneana que un ser humano del presente harán sonidos iguales o similares [debido a la diferenciación normal entre seres del mismo grupo].

Carlos Darwin, dado que también tenía patrón de cambios, vaticinó: Allá cuando haya más ciencia, encontrarán que es cierto todo lo que he dicho. Sin embargo, a pesar de que hay mucha ciencia, los científicos siguen buscando el momento histórico de la separación de los simios de los humanos, sin “avanzar” más allá de especular que la fecha es cada vez más lejos en el pasado. El otro patrón de cambios del darwinismo corre la misma suerte: Un tronco común que cada vez que se divide en ramas se encuentra con un eslabón perdido. ¿Qué tienen? Nada.

La ciencia de la computación es cada día más poderosa, de eso no cabe duda. Sin embargo, siguen siendo buenos deseos el que la computación nos dé la solución, dado que eso no ha significado encontrar el patrón de cambios que refleje la evolución, algo que yo ya presenté hace 10 años: La evolución se repite en los procesos de ovarios, testículos y hueveras y en los procesos de la gestación, cada especie de acuerdo a sí misma. En esos 10 años ha habido muchos conocimientos adicionales, sin embargo no he cambiado para nada el concepto original. Mi pregunta: ¿Qué es tan difícil de creer en la teoría? O, ¿Acaso es solo que Carlos Darwin no lo dijo?

Un científico que sabe acerca de embriología, el momento que capta el concepto base de mi teoría ya está listo para participar en ampliar el valor agregado de los conocimientos que ya tiene dado que no solamente sabe de embriología, sino también sabe de evolución y ya está preparado para ampliar los conocimientos de aquellos a quienes nos gusta el campo de la evolución.

Lo mismo pasa con el que sabe de historia antigua, de lingüística, de sicología y mucha gente más. Tan pronto capten el concepto base, ya nos pueden ampliar el conocimiento sobre la evolución.

Disponible para pláticas sobre mi teoría

Félix Rocha Martínez
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Commentaries to How Life Got Complicated
miércoles, marzo 13, 2013, 04:58 AM
i59b Commentaries to How Life Got Complicated, March 13, 2013

Following is a transcription of the article How Life Got Complicated found in Discover, October 25, 2012 written by Douglas Fox. In parenthesis you will find my commentaries.

In China’s Guizhou Province, a thin band of rock crowded with fossils smaller than poppy seeds may reveal the origin of all the animals that ever lived.



For decades the Chinese mined a phosphorus-rich layer of rock that winds through the hillsides of Guizhou Province and used it to make fertilizer for rice paddies. Then, in the 1980s, several geologists noticed fossils embedded in that layer, which they called the Doushantuo Formation. Viewed under a microscope, the fossils were exquisite—spherical and segmented on their surface, like a blackberry. Most people believed they were ancient algae.

Entranced by the forms, a paleontology student named Shuhai Xiao brought several hundred pounds of the rock to Harvard while working on his Ph.D. there in the 1990s. He noticed that the fossils, though all the same size, consisted of different numbers of cells: one, two, four, eight, and so on, up to around 1,000, roughly doubling with each increase. Xiao knew that it was unusual for a mature organism to stay the same size while undergoing successive rounds of cell division. Animal embryos, however, do so regularly. Xiao compared the fossils with modern embryos and concluded that he was looking not at algae but at something far more breathtaking: embryos of some of the first animals on Earth.

(My theory specifies: Evolution is repeated in the development [processes that are carried on in ovaries, testicles and spawn] and in gestation [the processes that are carried on in the womb] each species according to its own [Obteinable in Spanish in Internet in www.e-libro.net Cicatrices nueva teoría de la evolución, Félix Rocha Martínez, and these fossils describe what goes on in the womb after the union of an ovule and a spermatozoid]).

Xiao’s discovery illuminated a long-standing mystery. All major groups of animals—an entire kingdom of multicellular life that today includes insects, worms, shellfish, starfish, sea anemones, coral, jellyfish, and vertebrates like us—bloomed suddenly in the fossil record during an evolutionary extravaganza known as the Cambrian explosion, which occurred 530 million years ago. But genetic studies of modern animals had suggested that all of these creatures evolved from a single-celled ancestor that lived at least 100 million years before that, leaving a huge gap between the estimated origin of animals and the appearance of the earliest known animal fossils.

Xiao’s embryos helped fill that gap.

(The “bloomed suddenly” is not a Darwinian concept. The Cambric explosion was the transformation of the ediecarans to beings that from then on are possible to recognize them as the ancestors of present species. In the case of the human being, I handle the possibility that the ediecaran named Dikensonia mutated into a being with the appearance of sea horse: big headed, big belly, big tailed, without extremities as I explained it in the article “Response to ‘The Angry Evolutionist’”, first part in this same blog, stating with clarity that if you do not have a pattern of changes well established, it would be impossible to know which are the ancestors of these creatures that could lead you to the mistake, for example, that the turtles were created without ancestors. Please read my article “The Evidence of Turtle Evolution”. Any other evolution theory that does not include a pattern of changes, independently of how good it sounds, it would be incomplete. For example, Electrical Engineer Perry Marshall has the fabulous concept of bringing together biology and computing, nevertheless, his studies have not taken him to a pattern of changes [not that I know of]. The theory falls short. I do not doubt that sooner or later he can infer the pattern, given that biology has many branches of knowledge and one of them may lead him to stumble into the pattern. Nevertheless, that work is already done. The day that Engineer Perry Marshall decides to bring together my theory with computing in which he is an expert, we would have short term results and we would all gain time).

One Mystery Leads to Another

The fossils also raised new questions. Why had adult specimens of the creatures never been discovered? And was it valid to compare decayed, fossilized tissue with living embryos? Philip Donoghue, a colleague of Xiao’s at the University of Bristol in England, worried that the comparison might be misleading, since decay can affect the structure of organic remains. In 2005 he decided to find out whether modern embryos decay into something resembling what Xiao had found. He took brine shrimp embryos, asphyxiated them, and watched for 18 months as they broke down in tubes of seawater. The results looked exactly like the Doushantuo fossils. “That told us the animal embryo hypothesis was a good one,” Donoghue says.

(Corroborated, they are animal embryos. All the embryos look alike, have the appearance of being equal, but they are not. The genetic composition is different and in posterior stages of evolution in which each species carries on different virus and bacteria associations, they will be differentiated more and more).

But the fossils’ identity was not settled yet. A few years later, in 2011, Donoghue’s postdoc John Cunningham inadvertently raised new questions about them. One day Cunningham subjected a Doushantuo fossil to X-ray tomography (a 3-D scan) and obtained a beautiful image of its interior. This particular fossil was slightly different from most of the others, peanut-shaped instead of spherical. People had seen such oddly shaped fossils before and assumed they were embryos that been crushed before fossilizing. But Cunningham was stunned by what the X-ray revealed. On its inside the fossil wasn’t crushed at all. It was magnificently preserved, just like Xiao’s embryos—but instead of fewer than 1,000 cells, it contained half a million. In one stroke, this peanut-shaped fossil overturned Donoghue’s thinking. Despite the encouraging brine shrimp studies, he conjectured, the Doushantuo fossils weren’t embryos after all.

In an embryo, Donoghue explains, “you’d expect tissues, even organs, to develop by the time you have that many cells.” But the numerous cells in the peanut-shaped fossil were not differentiated into organs; they all looked alike. Donoghue now believes the fossils represent a more primitive ancestor of animals. To him they resemble spore sacs formed by modern single-celled organisms called mesomycetozoeans, which sit between animals and fungi on the tree of life. Mesomycetozoeans reproduce by multiplying inside a sac that eventually ruptures, releasing thousands of individuals. If the Doushantuo fossils are more like spore sacs than like animal embryos, that would explain why no adult animal fossils have turned up.

(If they are the first beings that’s as far as they get: They divide, they grow. They divide, they grow).

Did a Sac of Spores Launch the Animal Kingdom?

Xiao, now at Virginia Tech, stands by his original interpretation. He still believes the spheres he studied in 1993 are the embryos of early animals and argues that the peanut-shaped fossils represent a different, unrelated organism. There may be some truth to both men’s viewpoints: The first animals may well have looked more like a sac of mesomycetozoeans than like any modern multicellular creature.

Regardless of how the Doushantuo fossils end up being classified, Donoghue’s observation about their similarity to mesomycetozoeans may tell a lot about ancient animal evolution. The genomes of several mesomycetozoeans have been sequenced, with surprising results. These single-celled organisms possess genes once thought to be a unique evolutionary invention of animals. Some of the genes control receptors called integrins, which help cells attach to and communicate with one another, allowing formation of specialized organs and complex body plans. Iñaki Ruiz-Trillo, a biologist at the Institute for Biological Evolution in Barcelona, believes that in these simpler organisms, integrin genes may contribute to the formation of spore sacs.

What is emerging from this work is a fascinating possible scenario for the humble beginnings of the mighty animal kingdom: A few thousand spore cells in the ocean, poised to scatter like dandelion seeds, may have decided to stick together and continue their experiment in group living for a little while longer. If so, insects, starfish, and even humans may owe their existence to a dust-size spore sac that wouldn’t explode.

[End of transcription]

More of my commentaries:

The rest of the evolution you may observe it in gestation or in the manner of reproduction [amniotic sac, etc.], each species according to its own.

I greatly thank Shuhai Xiao, Philip Donoghue and to John Cunningham for the efforts to carry out these investigations. Their work have given an additional level of credibility to my theory that has evidences all along the pattern of changes: almost at the beginning of evolution with the investigation of this article about the division of cells as it is carried on once the ovule is fertilized by the spermatozoid in the womb.

At the beginning of evolution with the work “The First Cell” of David Deamer as it is mentioned in the “Response to ‘The Angry Evolutionist’”, about the double layered bubble with which the testicles start to make the spermatozoids and with which are born at the ovaries.

In the period of development in testicles, ovaries and spawn, with the work of Lyn Margulis about the symbiosis of bacteria in the article, The Discover interview: Lynn Margulis and the study of Aris Katzourakis about virus in the article “Past Pandemics Are in Our Genes.”

The period of gestation is covered by the work of Steven Jay Gould with the study “Creating the Creators”, as it is mentioned in the article “Response to ‘The Angry Evolutionist’, about the structures of a new theory of evolution.

The seekers of fossils of 100 years ago, that in 1913 found the fossils of Boskops and of fossils seekers that a few years back found a fossilized pelvis that led us to believe that the big headed Boskops were not deformed or sick. They were born that way as it is mentioned in the article “Response to ‘If Modern Human Beings Are So Intelligent, Why Is It That Our Brains Are Schrinking’”, covering a more recent stage of gestation, that is of evolution.

From almost at the end of our evolution the study of “Response to ‘The Angry Evolutionist’”, allowed us to define, the vestiges, the evidences that men and women were united in one body as self reproducing hermaphrodites. This was part of my initial study back in 1965.

From the end of our evolution I addressed the theme of the place of women in science and in everyday life in the articles: Why Science Must be Adapted To Women?, The Dangerous Discovery of Schweitzer and Men, Women, Maybe We Are Different.

Also, from the end of our evolution, I addressed the theme of religion, that for some people it is forbidden. The evidences of our evolution we have them in our bodies, independently of what you believe or do not believe, in this way it is for scientists and atheists. Nevertheless, in the third part of the “Response to ‘The Angry Evolutionist’”, third part, I give the reasons why Believers of the monotheistic religions have also to believe the theory.

As a whole, in my writings I dealt with science, religion, sociology, history-geography-linguistics, anatomy, genetics, epigenetics and very well I could have dealt with many other themes. With the passing of time the themes were amplified as I gathered more information.

Nevertheless, the original bases were never changed whatsoever.

I thank my teachers at the College of the of the Ozarks in Clarksville, Arkansas that encouraged my studies even though apparently they were oriented against religion [I firmly state that the book of Genesis, that is part of the writings of the three monotheistic religions, was changed to say that a male, Adam, was the first human being] and at the end this concept gave backing to the very same book of Genesis. The religious connection of all this information obtained through the search of the truth, given that only the truth shall make us free, led us to the concept that religion, according to the original version of Genesis in Aramean, and science, with this new theory of evolution, are perfectly in accord that the first human being was hermaphrodite, and that there is no such a thing as a common trunk, but that the evolution is repeated in the way of reproducing of each species.

Now, what it is missing is that scientists get to study this theory in order to add the enormous amount of existing information that they already have that does not fit in Darwinism [for example: doctors know infinitely more about embryology than I do and with their information and my theory, their knowledge takes a new dimension.

They can rewrite their embryology books by stages of gestation and they would be giving the world a book of evolution and the basis of a long documental epic movie of animated drawings.

Now, what it is missing is that religious leaders get to study together this theory and the Aramean language in order to add the enormous amount of existing information in new versions of their respective books, adding to begin with, respect for each other.

Available for talks over my theory.

Felix Rocha-Martinez
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Cómo se complicó la vida
miércoles, marzo 13, 2013, 04:48 AM
e59b Cómo se complicó la vida, 13 de marzo de 2013

A continuación se encuentra mi traducción a un artículo de Discover escrito por Douglas Fox que en inglés lleva el nombre de “How Life Got Complicated” (Cómo se complicó la vida). En paréntesis encontrará mis comentarios.

En la provincia china de Guizhou, una delgada franja de roca llena de fósiles más pequeños que las semillas de amapola pudiera revelar el origen de todos los animales que han existido.



Durante décadas, los chinos minaron una capa rica en fósforo de la roca que se adentra en las colinas de la provincia de Guizhou y la utilizaron para fabricar abono para los campos de arroz. Luego, en la década de 1980, varios geólogos notaron fósiles incrustados en esa capa, a la que llamaron “Formación Doushantuo”. Vistos bajo un microscopio, los fósiles eran esféricos y segmentados exquisitamente en su superficie, como una mora. La mayoría de la gente creía que eran algas antiguas.

Fascinado por las formas, un estudiante de paleontología llamado Shuhai Xiao llevó varios cientos de kilos de la roca a Harvard mientras trabajaba en su doctorado allí en la década de 1990. Se dio cuenta de que los fósiles, aunque todos del mismo tamaño, consistían de cantidades diferentes de células: una, dos, cuatro, ocho, y así sucesivamente, hasta alrededor de 1,000, aproximadamente duplicándose con cada incremento. Xiao sabía que era raro que un organismo maduro se quedara del mismo tamaño mientras se sometía a sucesivas rondas de división celular. Sin embargo, los embriones de animales, lo hacen con regularidad. Xiao comparó los fósiles con embriones modernos y llegó a la conclusión de que estaba mirando no a las algas sino a algo mucho más impresionante: los embriones de algunos de los primeros animales de la Tierra.

(Mi teoría especifica: La evolución se repite en el desarrollo [los procesos que se llevan a cabo en los ovarios, los testículos y en las hueveras] y en la gestación [los procesos que se llevan a cabo en la matriz] cada especie de acuerdo a sí misma [página 19 de mi libro “Cicatrices, nueva teoría de la evolución” obtenible virtual en internet en www.e-libro.net] y estos fósiles describen lo que pasa en la matriz justo después de la unión de un espermatozoide con un óvulo).

El descubrimiento de Xiao iluminó un misterio de mucho tiempo. Todos los grupos principales de animales -un reino entero de la vida multicelular que hoy incluye insectos, gusanos, crustáceos, estrellas de mar, anémonas de mar, corales, medusas y vertebrados como nosotros, floreció de repente en el registro fósil durante un espectáculo evolutivo conocido como la explosión del Cámbrico, que ocurrió hace 530 millones de años. Sin embargo, los estudios genéticos de los animales modernos han sugerido que todas estas criaturas evolucionaron de un ancestro unicelular que vivió por lo menos 100 millones de años antes de eso, dejando una enorme brecha entre el origen estimado de animales y la aparición de los primeros fósiles de animales conocidos. Los embriones de Xiao ayudaron a llenar ese vacío.

(El “floreció de repente” no es concepto darwiniano. Esa explosión del cámbrico fue de la transformación de los ediacaranes a seres a partir de los cuales ya es factible reconocerlos como antecesores de las especies presentes. En el caso del ser humano manejo la posibilidad de que el ediacaran de nombre Dikensonia haya mutado, haya sido transformado a un ser parecido al caballito de mar: cabezón, botijón, coludo y sin extremidades como lo explico en el artículo Respuesta a “El evolucionista enojado”, primera parte, en este mismo blog, dejando muy en claro que si no se tiene un patrón de cambios muy bien establecido, jamás sería posible dar con los ancestros de estas criaturas llevando al error de considerar por ejemplo que las tortugas así fueron creadas, sin ancestros. Por favor lea mi artículo Respuesta a “La evidencia de la evolución de la tortuga”. Cualquier otra teoría sobre la evolución que no incluya un patrón de cambios, por más buena que sea, estará incompleta. Por ejemplo: El Ingeniero Electricista Perry Marshall tiene el fabuloso concepto de conjuntar la biología con la computación, pero sus estudios no lo han llevado a un patrón de cambios [al menos que yo sepa]. La teoría se queda corta. No dudo que tarde o temprano pueda deducir el patrón, dado que la biología incluye muchas ramas y alguna de ellas lo haga tropezar con dicho patrón. Sin embargo, ese trabajo ya lo hice. El día que el Ingeniero Perry Marshall se decida a conjuntar mi teoría con la computación de la que es experto, tendremos resultados en el corto plazo y todos ganaremos tiempo).

Un misterio lleva a otro

Los fósiles también plantearon nuevas preguntas. ¿Por qué nunca habían sido descubiertos especímenes adultos de las criaturas? ¿Y era válido comparar el tejido deteriorado, fosilizado con embriones vivos? Philip Donoghue, un colega de Xiao de la Universidad de Bristol en Inglaterra, se preocupó de que la comparación pudiera ser engañosa, ya que la descomposición puede afectar a la estructura de los restos orgánicos. En 2005 se decidió a averiguar si los embriones modernos se deterioraban en algo parecido a lo que Xiao había encontrado. Tomó embriones de camarones de mar, los asfixió, y observó durante 18 meses, mientras se deterioraban en tubos de ensayo con agua de mar. Los resultados fueron exactamente como los fósiles de Doushantuo. "Eso nos dijo que la hipótesis del embrión animal era una buena", dice Donoghue.

(Corroborado, son embriones de animales. Todos los embriones se ven, tienen apariencia de iguales, pero no lo son. Su composición genética es diferente y con posteriores etapas de evolución en donde cada especie lleva a cabo asociaciones de virus y bacterias se diferenciarán).

Pero la identidad de los fósiles no fue resuelta todavía. Unos años más tarde, en 2011, el postdoctorado de Donoghue, John Cunningham inadvertidamente planteó nuevas preguntas sobre ellos. Un día Cunningham sometió a una tomografía de rayos X (un escaneo 3-D) a un fósil Doushantuo y obtuvo una bella imagen de su interior. Este fósil en particular era ligeramente diferente de la mayoría de los otros, en forma de cacahuate en lugar de esférico. La gente había visto los fósiles de forma extraña antes y supuso que eran embriones que habían sido aplastados antes de fosilizar. Pero Cunningham se sorprendió por lo que los rayos X revelaron. En su interior el fósil no estaba aplastado en absoluto. Estaba magníficamente conservado, al igual que los embriones de Xiao, pero en lugar de menos de 1,000 células, contenía medio millón. De un solo golpe, este fósil con forma de maní hizo cambiar el pensamiento de Donoghue. A pesar de los estudios alentadores con embriones de camarones, conjeturó, los fósiles Doushantuo no eran embriones después de todo.

En un embrión, Donoghue, explica, "usted esperaría que desarrollara tejidos, e incluso órganos, para el tiempo que tenga tantas células". Pero las numerosas células en el fósil con forma de maní no se diferenciaron en órganos, sino que todas eran iguales. Donoghue ahora cree que los fósiles representan el ancestro más primitivo de los animales. Para él parecen sacos de esporas formados por los modernos organismos unicelulares llamados mesomycetozoeanos, que se localizan entre los animales y los hongos en el árbol de la vida. Los mesomycetozoeanos se reproducen a través de multiplicarse en el interior de un saco que eventualmente se rompe, liberando miles de individuos. Si los fósiles Doushantuo se parecen más a los sacos de esporas que a embriones de animales, eso explicaría por qué no han aparecido fósiles de animales adultos.

(Si esos son los primeros seres hasta allí llegan: se dividen, crecen. Se dividen crecen).

¿Un saco de esporas inició el reino animal?

Xiao, ahora en la Universidad Tecnológica de Virginia, se queda con su interpretación original. Él todavía cree que las esferas que estudió en 1993 son los primeros embriones de animales y sostiene que los fósiles con forma de cacahuate representan un organismo diferente, sin relación. Puede haber algo de verdad en ambos puntos de vista de los científicos: Los primeros animales es muy posible que más bien parecieran un saco de mesomycetozoeanos que a cualquier criatura multicelular moderna.

Independientemente de cómo los fósiles de Doushantuo terminen siendo clasificados, la observación de Donoghue sobre su similitud con los mesomycetozoeanos puede decir mucho acerca de la evolución animal antigua. Los genomas de varios mesomycetozoeanos han sido secuenciados, con resultados sorprendentes. Estos organismos unicelulares poseen genes que antes se consideraban una invención única evolutiva de los animales. Algunos de los receptores de control de genes denominados integrinos, ayudan a las células adherirse y comunicarse entre sí, permitiendo la formación de órganos especializados y los planes complejos del cuerpo. Iñaki Ruiz-Trillo, biólogo del Instituto de Evolución Biológica de Barcelona, cree que en estos organismos más simples, los genes integrinos pueden contribuir a la formación de sacos de esporas.

Lo que está surgiendo de este trabajo es un fascinante escenario posible para los humildes comienzos del poderoso reino animal: Unos pocos miles de células de esporas en el océano, a punto de dispersarse como las semillas de diente de león, pueden haber decidido permanecer juntas y continuar con su experimento de vivir en grupo por un poco más de tiempo. Si es así, los insectos, estrellas de mar, e incluso los seres humanos pueden deber su existencia a un saco de polvo de esporas que no explotó.

(fin de traducción)

Más de mis comentarios:

El resto de la evolución la pueden observar en la gestación o en la forma de reproducirse [saco amniótico, etc.], cada especie de acuerdo a sí misma.

Agradezco infinitamente a Shuhai Xiao, a Philip Donoghue y a John Cunningham por los esfuerzos para llevar a cabo estas investigaciones. El trabajo de ellos le ha dado un grado adicional de aceptabilidad a mi teoría que tiene evidencias desperdigadas por todo el patrón de cambios: Casi al inicio de la evolución con la investigación de este artículo sobre la división de células tal y como se lleva a cabo una vez que el óvulo es fertilizado en la matriz.
Al inicio de la evolución con el trabajo “La primera célula” de David Deamer tal y como está mencionado en la “Respuesta a ‘El evolucionista enojado’”, sobre las burbujas de doble capa con las que se empiezan los espermatozoides en los testículos y con las burbujas de doble capa con las que nace una hembra en sus ovarios.

En el periodo de desarrollo en testículos, ovarios y hueveras con el trabajo de Lyn Margulis sobre la simbiosis de las bacterias en el artículo “La entrevista Discover: Lynn Margulis”, y el estudio de Aris Katzourakis con el trabajo sobre los virus en el artículo “Las pandemias anteriores están en nuestros genes”.

El período de gestación cubierto por el trabajo de Steven Jay Gould con el estudio “Creando a los creadores”, como está mencionado en la Respuesta a “El evolucionista enojado”, sobre las estructuras de una nueva teoría de la evolución.

Los buscadores de fósiles hace 100 años, en 1913, encontraron a los fósiles boskops y hace pocos años a la pelvis fosilizada que nos lleva a creer que los boskops cabezones no estaban deformes o enfermos sino que así eran paridos como nos lo muestra el artículo “Respuesta a ‘Si los humanos modernos son tan inteligentes ¿por qué nuestros cerebros se están encogiendo?’”, en una etapa de gestación, de evolución, más reciente.

De casi al final de la evolución el estudio de la “Respuesta a ‘El evolucionista enojado’”, nos permitieron definir los vestigios, las evidencias de que hombres y mujeres estuvimos unidos en un solo cuerpo como hermafroditas auto reproductivas. Esto fue parte de mis estudios iniciales allá por 1965.

Del final de nuestra evolución aborde el tema sobre el lugar de la mujer en el aspecto científico y cotidiano en los artículos ¿Por qué la ciencia se debe adaptar a las mujeres?, El descubrimiento peligroso de Schweitzer, en el de Hombres, mujeres: tal vez somos diferentes.

También del final de nuestra evolución abordé el tema de la religión que para algunos es tabú. Las evidencias de la evolución las traemos en el cuerpo, independientemente de que crean o no crean, por lo tanto es para científicos y ateos. Sin embargo, en la “Respuesta a ‘El evolucionista enojado’ doy a conocer las razones por las que los creyentes de las tres religiones monoteístas pudieran aceptar la teoría.

En total, en mis escritos abordo los temas de ciencia, religión, sociología, historia-geografía-lingüística, anatomía, genética, epigenética y bien pudiera haber tratado muchos otros temas. Con el paso del tiempo se ampliaron los temas en la medida en que iba conjuntando más información. Sin embargo, las bases originales no las cambié en lo más mínimo.

Agradezco a mis maestros de College of the Ozarks en Clarksville, Arkansas que alentaron mis estudios aunque aparentemente estaban orientados en contra de la religión [afirmo que al Libro de Génesis, que atañe a las tres religiones monoteístas, lo cambiaron para decir que el hombre, Adán, fue el primer ser humano] y a fin de cuentas este concepto dio respaldo al mismo libro de génesis. La conexión religiosa de toda esta información obtenida a través de la búsqueda de la verdad, dado que únicamente la verdad nos hará libres, nos condujo al concepto de que la religión, de acuerdo con la versión original en arameo de Génesis y la ciencia, con esta nueva teoría de la evolución, coinciden a la perfección de que el primer ser humano fue hermafrodita, de que no hay tal cosa como tronco común, sino que la evolución se repite en la forma de reproducirse de cada especie.

Ahora lo que falta es que los científicos se pongan a estudiar esta teoría para ponerle la cantidad enorme adicional de información que ya existe, que ya tienen, pero que no cabe en el darwinismo, dado que esa información no es de ahí [por ejemplo: los doctores saben infinitamente más que yo acerca de embriología y con su información y mi teoría, sus conocimientos toman una nueva dimensión. Pueden reescribir los libros de embriología por etapas de gestación y le estarían dando al mundo un libro de evolución.

Ahora lo que falta es que los líderes religiosos se pongan a estudiar juntos esta teoría y el arameo para ponerle la cantidad enorme adicional de información que ya existe en nuevas versiones de sus respectivos libros, agregando para comenzar el respeto de los unos para los otros.

Disponible para pláticas sobre mi teoría.

Félix Rocha Martínez
www.cicatrices.com.mx
frocham@yahoo.com
Saltillo, Coahuila, México
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Commentaries to “Past Pandemics Are in Our Genes”
viernes, febrero 15, 2013, 02:52 AM
i58b Commentaries to “Past Pandemics Are in Our Genes”, February 15, 2013

Following you will find a transcription of the article “Past Pandemics Are in Our Genes” published on line by Discover, Posted Dec. 6, 2012, written by Carl Zimmer. In parenthesis you will find my commentaries.

What koalas can teach us about human evolution and disease



To understand what it means to be human, you have to understand koalas. Or, to be more precise, you have to understand how they are dying from a bizarre viral outbreak that has been raging for the past 150 years or so. The koalas are now going through something our ancestors experienced 31 times over the past 60 million years. And those ancient viral outbreaks have helped to make us who we are today.

(It remains to be investigated if they attacked the spermatozoids or the ovules and in what stage of gestation it was manifested. If the eggs are visible at plain sight and the spermatozoids are microscopic, we can suppose that the ovules suffered many more attacks that ended up in associations. When I studied the article “Discover Interview: Lynn Margulis” I asked myself why so much emphasis in bacteria and so little emphasis on virus. Now, with this article it is clear to me that the associations were not only of bacteria but also of virus.)

Australian biologists discovered the koala outbreak in 1988. They were examining the blood of a koala dying of leukemia when they came across a virus infecting its white blood cells. The koala retrovirus, as it is now known, made its hosts sick in much the same way the feline leukemia virus sickens cats. It inserted its genes into host immune cells, which then produced new viruses. The infection also caused the cells to replicate at a frenzied rate. Once the scientists had found the koala retrovirus in one koala, they looked for it in others, and they soon found it all over the koala’s range—the entire eastern side of Australia.

(Mr. Carl Zimmer, why Australian biologists? Why Scientists from Spain? Is it that leaders of scientists from outside United States do not have a name and a last name?)

Koalas had long been known to have terrible health. One survey estimated that leukemia and lymphoma were responsible for up to 80 percent of koala deaths. The discovery of the koala retrovirus made sense of this cancer epidemic. It also explained why koalas were getting devastated by chlamydia, a sexually transmitted bacterium. By turning koalas’ immune systems cancerous, the virus was leaving the koalas open to infection by other pathogens.

(That is the reason to have more virus and bacteria associations than gestation stages, given that every time there is an association the being is unprotected to the invasion of other bacteria and virus.)
Scientists who went rummaging through koala skins in museums found genes from the retrovirus as far back as the mid-1800s, but that still makes it a fairly young outbreak. To figure out where the koala retrovirus came from, scientists have compared its genes to those of other species of viruses. One of the most similar viruses to it infects the grassland mosaic-tailed rat of Australia. The virus may well have been carried from the rats to the koalas by a mosquito or a tick.

Once the koalas picked up the retrovirus, they began to spread it among themselves. After young koalas are weaned but before they start dining on eucalyptus leaves, they feed on their mother’s feces—feces that may be laden with koala retroviruses. The epidemic appears to have started in northern Australia, where today the virus is ubiquitous. Since then, it has spread southward, even jumping to islands off the coast of Australia—presumably in the guts of mosquitoes.

As it spreads, the koala retrovirus is doing something else: It is genetically merging with the koala itself. In many koalas, the virus’ genes aren’t present just in the immune cells. The koalas carry the virus genes in every cell of their bodies, from their vestigial tails to their snub noses and in every organ in between. When these koalas reproduce, they pass the viral DNA along with their own to their offspring.

(If each species has its own list of associations, even when those lists are quite close in composition, like those of apes and human beings, the species end up very different. We already saw it in the article “The 2 percent difference” that you can read in this same blog.)

These koala-virus hybrids are the result of a peculiar sort of infection. Every now and then, the koala retrovirus ends up infecting an egg or a sperm. It inserts its genes into the DNA of the host cell, as it normally does. But instead of churning out new viruses that infect other cells, the infected sex cell does something else: It becomes a new koala. As a fertilized, virus-carrying egg divides and grows into an embryo, the koala retrovirus DNA is copied into every new cell. And when that virally infused koala is born and grows up and reproduces, it passes the virus down as well. In many cases, the inherited virus DNA still has the potential to make new viruses that can infect other koalas and trigger cancer in them.

(That is why I asked who received the attack and in what stage it was manifested.)

The koala retrovirus continues to spread today, attacking the last uninfected populations. In years to come, it will kill off many more animals while inserting itself into the DNA of the survivors. It’s likely that at some point every koala left on Earth will carry the virus’ genes. And in future generations, those genes will gradually mutate and lose their ability to make new viruses. Eventually, the koala retrovirus will become extinct. All that will remain will be its imprisoned DNA.

(And it was shown in a new stage of gestation)

This ongoing merging makes the koala retrovirus different than just about any other virus on Earth today known to science. But it is hardly unique in the history of life. When scientists look at the genomes of humans and other animals, they see stretches of DNA that bear indisputable hallmarks of viruses. In many cases, two closely related species will share the same viral DNA at the same spot in their genomes. That shared remnant of an ancient parasite tells scientists that the virus infected the common ancestor of both species. We share viral DNA with other primates, indicating that our common ancestors were invaded by viruses starting some 60 million years ago.

(They are not our common ancestors, they are ancestors invaded by the same virus and bacteria. For example: Females of human beings, apes, dolphins, elephants and rhinos all have two mammary glands between the anterior or superior extremities product of a common association [and their males their respective useless nipples], nevertheless, that does not mean that we are their descendants. Only that we are part of a brotherhood of receptors of the same invasions.)

Aris Katzourakis of the University of Oxford has tallied up all of the invasions of retroviruses into the genomes of our ancestors. His latest total is 31. Each of those invasions may well have caused a devastating outbreak akin to what retroviruses are doing to koalas today—perhaps spreading an immune-crushing cancer that nearly brought our early primate ancestors to extinction.

(Once more, we have the opposite case to Mrs. Lynn Margulis, she emphasizes bacteria and Katzourakis emphasizes virus and both are complementary.)

Eventually, these outbreaks ended, and the viruses became trapped in their hosts. But they didn’t lose all their viral powers. They could still parasitize their host’s genome. Sometimes a cell would make an extra copy of the viral genes and then insert them back elsewhere in its genome. As a result, our 31 viral invasions gave rise to 100,000 separate chunks of virus DNA. Altogether, they make up at least 8 percent of the human genome.

(And the bacteria percentage?)

In their lingering twilight, our endogenous retroviruses can still be dangerous to our health. When a new copy of their DNA gets inserted into our genome, it can disrupt an essential gene. And cancer cells often switch the virus genes back on, probably using them to the cancer’s own advantage. Some viral proteins help tumors escape the immune system’s notice, for example.

On the other hand, evolution has domesticated some of these virus genes for our own benefit. One virus gene makes a protein that’s essential for placentas to join to the uterus wall. And we use other virus genes to fight off free-living viruses. Some virus proteins are produced in our brains, although no one knows what, if anything, they are doing there.

It’s been millions of years since we last acquired a new endogenous retrovirus. The outbreaks that helped build the human genome are ancient history. But that doesn’t mean that a 32nd retrovirus won’t worm its way into our genome. New retroviruses—such as HIV, which jumped from chimpanzees to humans in the early 1900s—infect our species fairly often. We can’t predict which virus species will slip into eggs and sperm and provide us with the next piece of the human genome, but here is one fact that’s pretty unsettling to ponder: If you put a koala retrovirus in a dish with human cells, it can easily infect them. Koalas may not just be a guide to our past. Perhaps they will be a part of our future.

End of transcription and commentaries to “Past Pandemics Are in Our Genes”.

In the issue of January 15, 2007 of Discover magazine, it is published a very interesting article titled “Unintelligent Design”, written by Charles Siebert, about virus [You can find the complete article in this blog]. From it I chose the following paragraphs:

Less an organism than a jumbled collection of biochemical shards, the virus eventually yielded Wendell M. Stanley, the leader of the research team that exposed it, a Nobel Prize in chemistry rather than biology. The discovery also set off an intense scientific and philosophical debate that still rages: What exactly is a virus? Can it properly be described as alive? "'Life' and 'living' are words that the scientist has borrowed from the plain man," the British virologist Norman Pirie wrote at the time. "Now, however, systems are being discovered and studied which are neither obviously living nor obviously dead, and it is necessary to define these words or else give up using them and coin others."

Now, with the recent discovery of a truly monstrous virus, scientists are again casting about for how best to characterize these spectral life-forms. The new virus, officially known as Mimivirus (because it mimics a bacterium), is a creature "so bizarre," as The London Telegraph described it, "and unlike anything else seen by scientists . . . that . . . it could qualify for a new domain in the tree of life." Indeed, Mimivirus is so much more genetically complex than all previously known viruses, not to mention a number of bacteria, that it seems to call for a dramatic redrawing of the tree of life.

"This thing shows that some viruses are organisms that have an ancestor that was much more complex than they are now," says Didier Raoult, one of the leaders of the research team at the Mediterranean University in Marseille, France, that identified the virus. "We have a lot of evidence with Mimivirus that the virus phylum is at least as old as the other branches of life and that viruses were involved very early on in the evolutionary emergence of life."

That represents a radical change in thinking about life's origins: Viruses, long thought to be biology's hitchhikers, turn out to have been biology's formative force.

This is striking news, especially at a moment when the basic facts of origins and evolution seem to have fallen under a shroud. In the discussions of intelligent design, one hears a yearning for an old-fashioned creation story, in which some singular, inchoate entity stepped in to give rise to complex life-forms—humans in particular.

Now the viruses appear to present a creation story of their own: a stirring, topsy-turvy, and decidedly unintelligent design wherein life arose more by reckless accident than original intent, through an accumulation of genetic accounting errors committed by hordes of mindless, microscopic replication machines. With the discovery of Mimi, scientists are close to ascribing to viruses the last role that anyone would have conceived for them: that of life's prime mover.

(The evolution theory that I propose has not changed a bit: Evolution is repeated in the processes carried out in testicles, ovaries and spawn and in the womb [during gestation] each species according to its own. What I am doing is give a scientific version of those words given that the Bible is not designed to give scientific explanations.

The expression “Our descent from apes is the least of it.”, is not adequate, given that we do not descend from them. In the lists of associations of virus and bacteria of both species we share a lot of them. No more.)

Available for talks over my theory

Felix Rocha-Martinez
www.cicatrices.com.mx
[url=mailto:frocham@yahoo.com]frocham@yahoo.com
[/url]
Saltillo, Coahuila, Mexico
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