Nueva téoria de la evolución
Commentaries to How Life Got Complicated
miércoles, marzo 13, 2013, 04:58 AM
i59b Commentaries to How Life Got Complicated, March 13, 2013

Following is a transcription of the article How Life Got Complicated found in Discover, October 25, 2012 written by Douglas Fox. In parenthesis you will find my commentaries.

In China’s Guizhou Province, a thin band of rock crowded with fossils smaller than poppy seeds may reveal the origin of all the animals that ever lived.

For decades the Chinese mined a phosphorus-rich layer of rock that winds through the hillsides of Guizhou Province and used it to make fertilizer for rice paddies. Then, in the 1980s, several geologists noticed fossils embedded in that layer, which they called the Doushantuo Formation. Viewed under a microscope, the fossils were exquisite—spherical and segmented on their surface, like a blackberry. Most people believed they were ancient algae.

Entranced by the forms, a paleontology student named Shuhai Xiao brought several hundred pounds of the rock to Harvard while working on his Ph.D. there in the 1990s. He noticed that the fossils, though all the same size, consisted of different numbers of cells: one, two, four, eight, and so on, up to around 1,000, roughly doubling with each increase. Xiao knew that it was unusual for a mature organism to stay the same size while undergoing successive rounds of cell division. Animal embryos, however, do so regularly. Xiao compared the fossils with modern embryos and concluded that he was looking not at algae but at something far more breathtaking: embryos of some of the first animals on Earth.

(My theory specifies: Evolution is repeated in the development [processes that are carried on in ovaries, testicles and spawn] and in gestation [the processes that are carried on in the womb] each species according to its own [Obteinable in Spanish in Internet in Cicatrices nueva teoría de la evolución, Félix Rocha Martínez, and these fossils describe what goes on in the womb after the union of an ovule and a spermatozoid]).

Xiao’s discovery illuminated a long-standing mystery. All major groups of animals—an entire kingdom of multicellular life that today includes insects, worms, shellfish, starfish, sea anemones, coral, jellyfish, and vertebrates like us—bloomed suddenly in the fossil record during an evolutionary extravaganza known as the Cambrian explosion, which occurred 530 million years ago. But genetic studies of modern animals had suggested that all of these creatures evolved from a single-celled ancestor that lived at least 100 million years before that, leaving a huge gap between the estimated origin of animals and the appearance of the earliest known animal fossils.

Xiao’s embryos helped fill that gap.

(The “bloomed suddenly” is not a Darwinian concept. The Cambric explosion was the transformation of the ediecarans to beings that from then on are possible to recognize them as the ancestors of present species. In the case of the human being, I handle the possibility that the ediecaran named Dikensonia mutated into a being with the appearance of sea horse: big headed, big belly, big tailed, without extremities as I explained it in the article “Response to ‘The Angry Evolutionist’”, first part in this same blog, stating with clarity that if you do not have a pattern of changes well established, it would be impossible to know which are the ancestors of these creatures that could lead you to the mistake, for example, that the turtles were created without ancestors. Please read my article “The Evidence of Turtle Evolution”. Any other evolution theory that does not include a pattern of changes, independently of how good it sounds, it would be incomplete. For example, Electrical Engineer Perry Marshall has the fabulous concept of bringing together biology and computing, nevertheless, his studies have not taken him to a pattern of changes [not that I know of]. The theory falls short. I do not doubt that sooner or later he can infer the pattern, given that biology has many branches of knowledge and one of them may lead him to stumble into the pattern. Nevertheless, that work is already done. The day that Engineer Perry Marshall decides to bring together my theory with computing in which he is an expert, we would have short term results and we would all gain time).

One Mystery Leads to Another

The fossils also raised new questions. Why had adult specimens of the creatures never been discovered? And was it valid to compare decayed, fossilized tissue with living embryos? Philip Donoghue, a colleague of Xiao’s at the University of Bristol in England, worried that the comparison might be misleading, since decay can affect the structure of organic remains. In 2005 he decided to find out whether modern embryos decay into something resembling what Xiao had found. He took brine shrimp embryos, asphyxiated them, and watched for 18 months as they broke down in tubes of seawater. The results looked exactly like the Doushantuo fossils. “That told us the animal embryo hypothesis was a good one,” Donoghue says.

(Corroborated, they are animal embryos. All the embryos look alike, have the appearance of being equal, but they are not. The genetic composition is different and in posterior stages of evolution in which each species carries on different virus and bacteria associations, they will be differentiated more and more).

But the fossils’ identity was not settled yet. A few years later, in 2011, Donoghue’s postdoc John Cunningham inadvertently raised new questions about them. One day Cunningham subjected a Doushantuo fossil to X-ray tomography (a 3-D scan) and obtained a beautiful image of its interior. This particular fossil was slightly different from most of the others, peanut-shaped instead of spherical. People had seen such oddly shaped fossils before and assumed they were embryos that been crushed before fossilizing. But Cunningham was stunned by what the X-ray revealed. On its inside the fossil wasn’t crushed at all. It was magnificently preserved, just like Xiao’s embryos—but instead of fewer than 1,000 cells, it contained half a million. In one stroke, this peanut-shaped fossil overturned Donoghue’s thinking. Despite the encouraging brine shrimp studies, he conjectured, the Doushantuo fossils weren’t embryos after all.

In an embryo, Donoghue explains, “you’d expect tissues, even organs, to develop by the time you have that many cells.” But the numerous cells in the peanut-shaped fossil were not differentiated into organs; they all looked alike. Donoghue now believes the fossils represent a more primitive ancestor of animals. To him they resemble spore sacs formed by modern single-celled organisms called mesomycetozoeans, which sit between animals and fungi on the tree of life. Mesomycetozoeans reproduce by multiplying inside a sac that eventually ruptures, releasing thousands of individuals. If the Doushantuo fossils are more like spore sacs than like animal embryos, that would explain why no adult animal fossils have turned up.

(If they are the first beings that’s as far as they get: They divide, they grow. They divide, they grow).

Did a Sac of Spores Launch the Animal Kingdom?

Xiao, now at Virginia Tech, stands by his original interpretation. He still believes the spheres he studied in 1993 are the embryos of early animals and argues that the peanut-shaped fossils represent a different, unrelated organism. There may be some truth to both men’s viewpoints: The first animals may well have looked more like a sac of mesomycetozoeans than like any modern multicellular creature.

Regardless of how the Doushantuo fossils end up being classified, Donoghue’s observation about their similarity to mesomycetozoeans may tell a lot about ancient animal evolution. The genomes of several mesomycetozoeans have been sequenced, with surprising results. These single-celled organisms possess genes once thought to be a unique evolutionary invention of animals. Some of the genes control receptors called integrins, which help cells attach to and communicate with one another, allowing formation of specialized organs and complex body plans. Iñaki Ruiz-Trillo, a biologist at the Institute for Biological Evolution in Barcelona, believes that in these simpler organisms, integrin genes may contribute to the formation of spore sacs.

What is emerging from this work is a fascinating possible scenario for the humble beginnings of the mighty animal kingdom: A few thousand spore cells in the ocean, poised to scatter like dandelion seeds, may have decided to stick together and continue their experiment in group living for a little while longer. If so, insects, starfish, and even humans may owe their existence to a dust-size spore sac that wouldn’t explode.

[End of transcription]

More of my commentaries:

The rest of the evolution you may observe it in gestation or in the manner of reproduction [amniotic sac, etc.], each species according to its own.

I greatly thank Shuhai Xiao, Philip Donoghue and to John Cunningham for the efforts to carry out these investigations. Their work have given an additional level of credibility to my theory that has evidences all along the pattern of changes: almost at the beginning of evolution with the investigation of this article about the division of cells as it is carried on once the ovule is fertilized by the spermatozoid in the womb.

At the beginning of evolution with the work “The First Cell” of David Deamer as it is mentioned in the “Response to ‘The Angry Evolutionist’”, about the double layered bubble with which the testicles start to make the spermatozoids and with which are born at the ovaries.

In the period of development in testicles, ovaries and spawn, with the work of Lyn Margulis about the symbiosis of bacteria in the article, The Discover interview: Lynn Margulis and the study of Aris Katzourakis about virus in the article “Past Pandemics Are in Our Genes.”

The period of gestation is covered by the work of Steven Jay Gould with the study “Creating the Creators”, as it is mentioned in the article “Response to ‘The Angry Evolutionist’, about the structures of a new theory of evolution.

The seekers of fossils of 100 years ago, that in 1913 found the fossils of Boskops and of fossils seekers that a few years back found a fossilized pelvis that led us to believe that the big headed Boskops were not deformed or sick. They were born that way as it is mentioned in the article “Response to ‘If Modern Human Beings Are So Intelligent, Why Is It That Our Brains Are Schrinking’”, covering a more recent stage of gestation, that is of evolution.

From almost at the end of our evolution the study of “Response to ‘The Angry Evolutionist’”, allowed us to define, the vestiges, the evidences that men and women were united in one body as self reproducing hermaphrodites. This was part of my initial study back in 1965.

From the end of our evolution I addressed the theme of the place of women in science and in everyday life in the articles: Why Science Must be Adapted To Women?, The Dangerous Discovery of Schweitzer and Men, Women, Maybe We Are Different.

Also, from the end of our evolution, I addressed the theme of religion, that for some people it is forbidden. The evidences of our evolution we have them in our bodies, independently of what you believe or do not believe, in this way it is for scientists and atheists. Nevertheless, in the third part of the “Response to ‘The Angry Evolutionist’”, third part, I give the reasons why Believers of the monotheistic religions have also to believe the theory.

As a whole, in my writings I dealt with science, religion, sociology, history-geography-linguistics, anatomy, genetics, epigenetics and very well I could have dealt with many other themes. With the passing of time the themes were amplified as I gathered more information.

Nevertheless, the original bases were never changed whatsoever.

I thank my teachers at the College of the of the Ozarks in Clarksville, Arkansas that encouraged my studies even though apparently they were oriented against religion [I firmly state that the book of Genesis, that is part of the writings of the three monotheistic religions, was changed to say that a male, Adam, was the first human being] and at the end this concept gave backing to the very same book of Genesis. The religious connection of all this information obtained through the search of the truth, given that only the truth shall make us free, led us to the concept that religion, according to the original version of Genesis in Aramean, and science, with this new theory of evolution, are perfectly in accord that the first human being was hermaphrodite, and that there is no such a thing as a common trunk, but that the evolution is repeated in the way of reproducing of each species.

Now, what it is missing is that scientists get to study this theory in order to add the enormous amount of existing information that they already have that does not fit in Darwinism [for example: doctors know infinitely more about embryology than I do and with their information and my theory, their knowledge takes a new dimension.

They can rewrite their embryology books by stages of gestation and they would be giving the world a book of evolution and the basis of a long documental epic movie of animated drawings.

Now, what it is missing is that religious leaders get to study together this theory and the Aramean language in order to add the enormous amount of existing information in new versions of their respective books, adding to begin with, respect for each other.

Available for talks over my theory.

Felix Rocha-Martinez
Saltillo, Coahuila, Mexico
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Cómo se complicó la vida
miércoles, marzo 13, 2013, 04:48 AM
e59b Cómo se complicó la vida, 13 de marzo de 2013

A continuación se encuentra mi traducción a un artículo de Discover escrito por Douglas Fox que en inglés lleva el nombre de “How Life Got Complicated” (Cómo se complicó la vida). En paréntesis encontrará mis comentarios.

En la provincia china de Guizhou, una delgada franja de roca llena de fósiles más pequeños que las semillas de amapola pudiera revelar el origen de todos los animales que han existido.

Durante décadas, los chinos minaron una capa rica en fósforo de la roca que se adentra en las colinas de la provincia de Guizhou y la utilizaron para fabricar abono para los campos de arroz. Luego, en la década de 1980, varios geólogos notaron fósiles incrustados en esa capa, a la que llamaron “Formación Doushantuo”. Vistos bajo un microscopio, los fósiles eran esféricos y segmentados exquisitamente en su superficie, como una mora. La mayoría de la gente creía que eran algas antiguas.

Fascinado por las formas, un estudiante de paleontología llamado Shuhai Xiao llevó varios cientos de kilos de la roca a Harvard mientras trabajaba en su doctorado allí en la década de 1990. Se dio cuenta de que los fósiles, aunque todos del mismo tamaño, consistían de cantidades diferentes de células: una, dos, cuatro, ocho, y así sucesivamente, hasta alrededor de 1,000, aproximadamente duplicándose con cada incremento. Xiao sabía que era raro que un organismo maduro se quedara del mismo tamaño mientras se sometía a sucesivas rondas de división celular. Sin embargo, los embriones de animales, lo hacen con regularidad. Xiao comparó los fósiles con embriones modernos y llegó a la conclusión de que estaba mirando no a las algas sino a algo mucho más impresionante: los embriones de algunos de los primeros animales de la Tierra.

(Mi teoría especifica: La evolución se repite en el desarrollo [los procesos que se llevan a cabo en los ovarios, los testículos y en las hueveras] y en la gestación [los procesos que se llevan a cabo en la matriz] cada especie de acuerdo a sí misma [página 19 de mi libro “Cicatrices, nueva teoría de la evolución” obtenible virtual en internet en] y estos fósiles describen lo que pasa en la matriz justo después de la unión de un espermatozoide con un óvulo).

El descubrimiento de Xiao iluminó un misterio de mucho tiempo. Todos los grupos principales de animales -un reino entero de la vida multicelular que hoy incluye insectos, gusanos, crustáceos, estrellas de mar, anémonas de mar, corales, medusas y vertebrados como nosotros, floreció de repente en el registro fósil durante un espectáculo evolutivo conocido como la explosión del Cámbrico, que ocurrió hace 530 millones de años. Sin embargo, los estudios genéticos de los animales modernos han sugerido que todas estas criaturas evolucionaron de un ancestro unicelular que vivió por lo menos 100 millones de años antes de eso, dejando una enorme brecha entre el origen estimado de animales y la aparición de los primeros fósiles de animales conocidos. Los embriones de Xiao ayudaron a llenar ese vacío.

(El “floreció de repente” no es concepto darwiniano. Esa explosión del cámbrico fue de la transformación de los ediacaranes a seres a partir de los cuales ya es factible reconocerlos como antecesores de las especies presentes. En el caso del ser humano manejo la posibilidad de que el ediacaran de nombre Dikensonia haya mutado, haya sido transformado a un ser parecido al caballito de mar: cabezón, botijón, coludo y sin extremidades como lo explico en el artículo Respuesta a “El evolucionista enojado”, primera parte, en este mismo blog, dejando muy en claro que si no se tiene un patrón de cambios muy bien establecido, jamás sería posible dar con los ancestros de estas criaturas llevando al error de considerar por ejemplo que las tortugas así fueron creadas, sin ancestros. Por favor lea mi artículo Respuesta a “La evidencia de la evolución de la tortuga”. Cualquier otra teoría sobre la evolución que no incluya un patrón de cambios, por más buena que sea, estará incompleta. Por ejemplo: El Ingeniero Electricista Perry Marshall tiene el fabuloso concepto de conjuntar la biología con la computación, pero sus estudios no lo han llevado a un patrón de cambios [al menos que yo sepa]. La teoría se queda corta. No dudo que tarde o temprano pueda deducir el patrón, dado que la biología incluye muchas ramas y alguna de ellas lo haga tropezar con dicho patrón. Sin embargo, ese trabajo ya lo hice. El día que el Ingeniero Perry Marshall se decida a conjuntar mi teoría con la computación de la que es experto, tendremos resultados en el corto plazo y todos ganaremos tiempo).

Un misterio lleva a otro

Los fósiles también plantearon nuevas preguntas. ¿Por qué nunca habían sido descubiertos especímenes adultos de las criaturas? ¿Y era válido comparar el tejido deteriorado, fosilizado con embriones vivos? Philip Donoghue, un colega de Xiao de la Universidad de Bristol en Inglaterra, se preocupó de que la comparación pudiera ser engañosa, ya que la descomposición puede afectar a la estructura de los restos orgánicos. En 2005 se decidió a averiguar si los embriones modernos se deterioraban en algo parecido a lo que Xiao había encontrado. Tomó embriones de camarones de mar, los asfixió, y observó durante 18 meses, mientras se deterioraban en tubos de ensayo con agua de mar. Los resultados fueron exactamente como los fósiles de Doushantuo. "Eso nos dijo que la hipótesis del embrión animal era una buena", dice Donoghue.

(Corroborado, son embriones de animales. Todos los embriones se ven, tienen apariencia de iguales, pero no lo son. Su composición genética es diferente y con posteriores etapas de evolución en donde cada especie lleva a cabo asociaciones de virus y bacterias se diferenciarán).

Pero la identidad de los fósiles no fue resuelta todavía. Unos años más tarde, en 2011, el postdoctorado de Donoghue, John Cunningham inadvertidamente planteó nuevas preguntas sobre ellos. Un día Cunningham sometió a una tomografía de rayos X (un escaneo 3-D) a un fósil Doushantuo y obtuvo una bella imagen de su interior. Este fósil en particular era ligeramente diferente de la mayoría de los otros, en forma de cacahuate en lugar de esférico. La gente había visto los fósiles de forma extraña antes y supuso que eran embriones que habían sido aplastados antes de fosilizar. Pero Cunningham se sorprendió por lo que los rayos X revelaron. En su interior el fósil no estaba aplastado en absoluto. Estaba magníficamente conservado, al igual que los embriones de Xiao, pero en lugar de menos de 1,000 células, contenía medio millón. De un solo golpe, este fósil con forma de maní hizo cambiar el pensamiento de Donoghue. A pesar de los estudios alentadores con embriones de camarones, conjeturó, los fósiles Doushantuo no eran embriones después de todo.

En un embrión, Donoghue, explica, "usted esperaría que desarrollara tejidos, e incluso órganos, para el tiempo que tenga tantas células". Pero las numerosas células en el fósil con forma de maní no se diferenciaron en órganos, sino que todas eran iguales. Donoghue ahora cree que los fósiles representan el ancestro más primitivo de los animales. Para él parecen sacos de esporas formados por los modernos organismos unicelulares llamados mesomycetozoeanos, que se localizan entre los animales y los hongos en el árbol de la vida. Los mesomycetozoeanos se reproducen a través de multiplicarse en el interior de un saco que eventualmente se rompe, liberando miles de individuos. Si los fósiles Doushantuo se parecen más a los sacos de esporas que a embriones de animales, eso explicaría por qué no han aparecido fósiles de animales adultos.

(Si esos son los primeros seres hasta allí llegan: se dividen, crecen. Se dividen crecen).

¿Un saco de esporas inició el reino animal?

Xiao, ahora en la Universidad Tecnológica de Virginia, se queda con su interpretación original. Él todavía cree que las esferas que estudió en 1993 son los primeros embriones de animales y sostiene que los fósiles con forma de cacahuate representan un organismo diferente, sin relación. Puede haber algo de verdad en ambos puntos de vista de los científicos: Los primeros animales es muy posible que más bien parecieran un saco de mesomycetozoeanos que a cualquier criatura multicelular moderna.

Independientemente de cómo los fósiles de Doushantuo terminen siendo clasificados, la observación de Donoghue sobre su similitud con los mesomycetozoeanos puede decir mucho acerca de la evolución animal antigua. Los genomas de varios mesomycetozoeanos han sido secuenciados, con resultados sorprendentes. Estos organismos unicelulares poseen genes que antes se consideraban una invención única evolutiva de los animales. Algunos de los receptores de control de genes denominados integrinos, ayudan a las células adherirse y comunicarse entre sí, permitiendo la formación de órganos especializados y los planes complejos del cuerpo. Iñaki Ruiz-Trillo, biólogo del Instituto de Evolución Biológica de Barcelona, cree que en estos organismos más simples, los genes integrinos pueden contribuir a la formación de sacos de esporas.

Lo que está surgiendo de este trabajo es un fascinante escenario posible para los humildes comienzos del poderoso reino animal: Unos pocos miles de células de esporas en el océano, a punto de dispersarse como las semillas de diente de león, pueden haber decidido permanecer juntas y continuar con su experimento de vivir en grupo por un poco más de tiempo. Si es así, los insectos, estrellas de mar, e incluso los seres humanos pueden deber su existencia a un saco de polvo de esporas que no explotó.

(fin de traducción)

Más de mis comentarios:

El resto de la evolución la pueden observar en la gestación o en la forma de reproducirse [saco amniótico, etc.], cada especie de acuerdo a sí misma.

Agradezco infinitamente a Shuhai Xiao, a Philip Donoghue y a John Cunningham por los esfuerzos para llevar a cabo estas investigaciones. El trabajo de ellos le ha dado un grado adicional de aceptabilidad a mi teoría que tiene evidencias desperdigadas por todo el patrón de cambios: Casi al inicio de la evolución con la investigación de este artículo sobre la división de células tal y como se lleva a cabo una vez que el óvulo es fertilizado en la matriz.
Al inicio de la evolución con el trabajo “La primera célula” de David Deamer tal y como está mencionado en la “Respuesta a ‘El evolucionista enojado’”, sobre las burbujas de doble capa con las que se empiezan los espermatozoides en los testículos y con las burbujas de doble capa con las que nace una hembra en sus ovarios.

En el periodo de desarrollo en testículos, ovarios y hueveras con el trabajo de Lyn Margulis sobre la simbiosis de las bacterias en el artículo “La entrevista Discover: Lynn Margulis”, y el estudio de Aris Katzourakis con el trabajo sobre los virus en el artículo “Las pandemias anteriores están en nuestros genes”.

El período de gestación cubierto por el trabajo de Steven Jay Gould con el estudio “Creando a los creadores”, como está mencionado en la Respuesta a “El evolucionista enojado”, sobre las estructuras de una nueva teoría de la evolución.

Los buscadores de fósiles hace 100 años, en 1913, encontraron a los fósiles boskops y hace pocos años a la pelvis fosilizada que nos lleva a creer que los boskops cabezones no estaban deformes o enfermos sino que así eran paridos como nos lo muestra el artículo “Respuesta a ‘Si los humanos modernos son tan inteligentes ¿por qué nuestros cerebros se están encogiendo?’”, en una etapa de gestación, de evolución, más reciente.

De casi al final de la evolución el estudio de la “Respuesta a ‘El evolucionista enojado’”, nos permitieron definir los vestigios, las evidencias de que hombres y mujeres estuvimos unidos en un solo cuerpo como hermafroditas auto reproductivas. Esto fue parte de mis estudios iniciales allá por 1965.

Del final de nuestra evolución aborde el tema sobre el lugar de la mujer en el aspecto científico y cotidiano en los artículos ¿Por qué la ciencia se debe adaptar a las mujeres?, El descubrimiento peligroso de Schweitzer, en el de Hombres, mujeres: tal vez somos diferentes.

También del final de nuestra evolución abordé el tema de la religión que para algunos es tabú. Las evidencias de la evolución las traemos en el cuerpo, independientemente de que crean o no crean, por lo tanto es para científicos y ateos. Sin embargo, en la “Respuesta a ‘El evolucionista enojado’ doy a conocer las razones por las que los creyentes de las tres religiones monoteístas pudieran aceptar la teoría.

En total, en mis escritos abordo los temas de ciencia, religión, sociología, historia-geografía-lingüística, anatomía, genética, epigenética y bien pudiera haber tratado muchos otros temas. Con el paso del tiempo se ampliaron los temas en la medida en que iba conjuntando más información. Sin embargo, las bases originales no las cambié en lo más mínimo.

Agradezco a mis maestros de College of the Ozarks en Clarksville, Arkansas que alentaron mis estudios aunque aparentemente estaban orientados en contra de la religión [afirmo que al Libro de Génesis, que atañe a las tres religiones monoteístas, lo cambiaron para decir que el hombre, Adán, fue el primer ser humano] y a fin de cuentas este concepto dio respaldo al mismo libro de génesis. La conexión religiosa de toda esta información obtenida a través de la búsqueda de la verdad, dado que únicamente la verdad nos hará libres, nos condujo al concepto de que la religión, de acuerdo con la versión original en arameo de Génesis y la ciencia, con esta nueva teoría de la evolución, coinciden a la perfección de que el primer ser humano fue hermafrodita, de que no hay tal cosa como tronco común, sino que la evolución se repite en la forma de reproducirse de cada especie.

Ahora lo que falta es que los científicos se pongan a estudiar esta teoría para ponerle la cantidad enorme adicional de información que ya existe, que ya tienen, pero que no cabe en el darwinismo, dado que esa información no es de ahí [por ejemplo: los doctores saben infinitamente más que yo acerca de embriología y con su información y mi teoría, sus conocimientos toman una nueva dimensión. Pueden reescribir los libros de embriología por etapas de gestación y le estarían dando al mundo un libro de evolución.

Ahora lo que falta es que los líderes religiosos se pongan a estudiar juntos esta teoría y el arameo para ponerle la cantidad enorme adicional de información que ya existe en nuevas versiones de sus respectivos libros, agregando para comenzar el respeto de los unos para los otros.

Disponible para pláticas sobre mi teoría.

Félix Rocha Martínez
Saltillo, Coahuila, México
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Commentaries to “Past Pandemics Are in Our Genes”
viernes, febrero 15, 2013, 02:52 AM
i58b Commentaries to “Past Pandemics Are in Our Genes”, February 15, 2013

Following you will find a transcription of the article “Past Pandemics Are in Our Genes” published on line by Discover, Posted Dec. 6, 2012, written by Carl Zimmer. In parenthesis you will find my commentaries.

What koalas can teach us about human evolution and disease

To understand what it means to be human, you have to understand koalas. Or, to be more precise, you have to understand how they are dying from a bizarre viral outbreak that has been raging for the past 150 years or so. The koalas are now going through something our ancestors experienced 31 times over the past 60 million years. And those ancient viral outbreaks have helped to make us who we are today.

(It remains to be investigated if they attacked the spermatozoids or the ovules and in what stage of gestation it was manifested. If the eggs are visible at plain sight and the spermatozoids are microscopic, we can suppose that the ovules suffered many more attacks that ended up in associations. When I studied the article “Discover Interview: Lynn Margulis” I asked myself why so much emphasis in bacteria and so little emphasis on virus. Now, with this article it is clear to me that the associations were not only of bacteria but also of virus.)

Australian biologists discovered the koala outbreak in 1988. They were examining the blood of a koala dying of leukemia when they came across a virus infecting its white blood cells. The koala retrovirus, as it is now known, made its hosts sick in much the same way the feline leukemia virus sickens cats. It inserted its genes into host immune cells, which then produced new viruses. The infection also caused the cells to replicate at a frenzied rate. Once the scientists had found the koala retrovirus in one koala, they looked for it in others, and they soon found it all over the koala’s range—the entire eastern side of Australia.

(Mr. Carl Zimmer, why Australian biologists? Why Scientists from Spain? Is it that leaders of scientists from outside United States do not have a name and a last name?)

Koalas had long been known to have terrible health. One survey estimated that leukemia and lymphoma were responsible for up to 80 percent of koala deaths. The discovery of the koala retrovirus made sense of this cancer epidemic. It also explained why koalas were getting devastated by chlamydia, a sexually transmitted bacterium. By turning koalas’ immune systems cancerous, the virus was leaving the koalas open to infection by other pathogens.

(That is the reason to have more virus and bacteria associations than gestation stages, given that every time there is an association the being is unprotected to the invasion of other bacteria and virus.)
Scientists who went rummaging through koala skins in museums found genes from the retrovirus as far back as the mid-1800s, but that still makes it a fairly young outbreak. To figure out where the koala retrovirus came from, scientists have compared its genes to those of other species of viruses. One of the most similar viruses to it infects the grassland mosaic-tailed rat of Australia. The virus may well have been carried from the rats to the koalas by a mosquito or a tick.

Once the koalas picked up the retrovirus, they began to spread it among themselves. After young koalas are weaned but before they start dining on eucalyptus leaves, they feed on their mother’s feces—feces that may be laden with koala retroviruses. The epidemic appears to have started in northern Australia, where today the virus is ubiquitous. Since then, it has spread southward, even jumping to islands off the coast of Australia—presumably in the guts of mosquitoes.

As it spreads, the koala retrovirus is doing something else: It is genetically merging with the koala itself. In many koalas, the virus’ genes aren’t present just in the immune cells. The koalas carry the virus genes in every cell of their bodies, from their vestigial tails to their snub noses and in every organ in between. When these koalas reproduce, they pass the viral DNA along with their own to their offspring.

(If each species has its own list of associations, even when those lists are quite close in composition, like those of apes and human beings, the species end up very different. We already saw it in the article “The 2 percent difference” that you can read in this same blog.)

These koala-virus hybrids are the result of a peculiar sort of infection. Every now and then, the koala retrovirus ends up infecting an egg or a sperm. It inserts its genes into the DNA of the host cell, as it normally does. But instead of churning out new viruses that infect other cells, the infected sex cell does something else: It becomes a new koala. As a fertilized, virus-carrying egg divides and grows into an embryo, the koala retrovirus DNA is copied into every new cell. And when that virally infused koala is born and grows up and reproduces, it passes the virus down as well. In many cases, the inherited virus DNA still has the potential to make new viruses that can infect other koalas and trigger cancer in them.

(That is why I asked who received the attack and in what stage it was manifested.)

The koala retrovirus continues to spread today, attacking the last uninfected populations. In years to come, it will kill off many more animals while inserting itself into the DNA of the survivors. It’s likely that at some point every koala left on Earth will carry the virus’ genes. And in future generations, those genes will gradually mutate and lose their ability to make new viruses. Eventually, the koala retrovirus will become extinct. All that will remain will be its imprisoned DNA.

(And it was shown in a new stage of gestation)

This ongoing merging makes the koala retrovirus different than just about any other virus on Earth today known to science. But it is hardly unique in the history of life. When scientists look at the genomes of humans and other animals, they see stretches of DNA that bear indisputable hallmarks of viruses. In many cases, two closely related species will share the same viral DNA at the same spot in their genomes. That shared remnant of an ancient parasite tells scientists that the virus infected the common ancestor of both species. We share viral DNA with other primates, indicating that our common ancestors were invaded by viruses starting some 60 million years ago.

(They are not our common ancestors, they are ancestors invaded by the same virus and bacteria. For example: Females of human beings, apes, dolphins, elephants and rhinos all have two mammary glands between the anterior or superior extremities product of a common association [and their males their respective useless nipples], nevertheless, that does not mean that we are their descendants. Only that we are part of a brotherhood of receptors of the same invasions.)

Aris Katzourakis of the University of Oxford has tallied up all of the invasions of retroviruses into the genomes of our ancestors. His latest total is 31. Each of those invasions may well have caused a devastating outbreak akin to what retroviruses are doing to koalas today—perhaps spreading an immune-crushing cancer that nearly brought our early primate ancestors to extinction.

(Once more, we have the opposite case to Mrs. Lynn Margulis, she emphasizes bacteria and Katzourakis emphasizes virus and both are complementary.)

Eventually, these outbreaks ended, and the viruses became trapped in their hosts. But they didn’t lose all their viral powers. They could still parasitize their host’s genome. Sometimes a cell would make an extra copy of the viral genes and then insert them back elsewhere in its genome. As a result, our 31 viral invasions gave rise to 100,000 separate chunks of virus DNA. Altogether, they make up at least 8 percent of the human genome.

(And the bacteria percentage?)

In their lingering twilight, our endogenous retroviruses can still be dangerous to our health. When a new copy of their DNA gets inserted into our genome, it can disrupt an essential gene. And cancer cells often switch the virus genes back on, probably using them to the cancer’s own advantage. Some viral proteins help tumors escape the immune system’s notice, for example.

On the other hand, evolution has domesticated some of these virus genes for our own benefit. One virus gene makes a protein that’s essential for placentas to join to the uterus wall. And we use other virus genes to fight off free-living viruses. Some virus proteins are produced in our brains, although no one knows what, if anything, they are doing there.

It’s been millions of years since we last acquired a new endogenous retrovirus. The outbreaks that helped build the human genome are ancient history. But that doesn’t mean that a 32nd retrovirus won’t worm its way into our genome. New retroviruses—such as HIV, which jumped from chimpanzees to humans in the early 1900s—infect our species fairly often. We can’t predict which virus species will slip into eggs and sperm and provide us with the next piece of the human genome, but here is one fact that’s pretty unsettling to ponder: If you put a koala retrovirus in a dish with human cells, it can easily infect them. Koalas may not just be a guide to our past. Perhaps they will be a part of our future.

End of transcription and commentaries to “Past Pandemics Are in Our Genes”.

In the issue of January 15, 2007 of Discover magazine, it is published a very interesting article titled “Unintelligent Design”, written by Charles Siebert, about virus [You can find the complete article in this blog]. From it I chose the following paragraphs:

Less an organism than a jumbled collection of biochemical shards, the virus eventually yielded Wendell M. Stanley, the leader of the research team that exposed it, a Nobel Prize in chemistry rather than biology. The discovery also set off an intense scientific and philosophical debate that still rages: What exactly is a virus? Can it properly be described as alive? "'Life' and 'living' are words that the scientist has borrowed from the plain man," the British virologist Norman Pirie wrote at the time. "Now, however, systems are being discovered and studied which are neither obviously living nor obviously dead, and it is necessary to define these words or else give up using them and coin others."

Now, with the recent discovery of a truly monstrous virus, scientists are again casting about for how best to characterize these spectral life-forms. The new virus, officially known as Mimivirus (because it mimics a bacterium), is a creature "so bizarre," as The London Telegraph described it, "and unlike anything else seen by scientists . . . that . . . it could qualify for a new domain in the tree of life." Indeed, Mimivirus is so much more genetically complex than all previously known viruses, not to mention a number of bacteria, that it seems to call for a dramatic redrawing of the tree of life.

"This thing shows that some viruses are organisms that have an ancestor that was much more complex than they are now," says Didier Raoult, one of the leaders of the research team at the Mediterranean University in Marseille, France, that identified the virus. "We have a lot of evidence with Mimivirus that the virus phylum is at least as old as the other branches of life and that viruses were involved very early on in the evolutionary emergence of life."

That represents a radical change in thinking about life's origins: Viruses, long thought to be biology's hitchhikers, turn out to have been biology's formative force.

This is striking news, especially at a moment when the basic facts of origins and evolution seem to have fallen under a shroud. In the discussions of intelligent design, one hears a yearning for an old-fashioned creation story, in which some singular, inchoate entity stepped in to give rise to complex life-forms—humans in particular.

Now the viruses appear to present a creation story of their own: a stirring, topsy-turvy, and decidedly unintelligent design wherein life arose more by reckless accident than original intent, through an accumulation of genetic accounting errors committed by hordes of mindless, microscopic replication machines. With the discovery of Mimi, scientists are close to ascribing to viruses the last role that anyone would have conceived for them: that of life's prime mover.

(The evolution theory that I propose has not changed a bit: Evolution is repeated in the processes carried out in testicles, ovaries and spawn and in the womb [during gestation] each species according to its own. What I am doing is give a scientific version of those words given that the Bible is not designed to give scientific explanations.

The expression “Our descent from apes is the least of it.”, is not adequate, given that we do not descend from them. In the lists of associations of virus and bacteria of both species we share a lot of them. No more.)

Available for talks over my theory

Felix Rocha-Martinez
Saltillo, Coahuila, Mexico
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Las pandemias anteriores están en nuestros genes
viernes, febrero 15, 2013, 02:45 AM
e58i Las pandemias anteriores están en nuestros genes, 15 de febrero de 2013

A continuación doy a conocer mi traducción del artículo “Past Pandemics Are in Our Genes” (Las pandemias anteriores están en nuestros genes) de Discover, subido a internet el 6 de diciembre de 2012, escrito por Carl Zimmer (en paréntesis encontrarán mis comentarios).

Lo que los koalas nos pueden enseñar sobre la evolución humana y las enfermedades.

Para entender lo que significa el ser un humano, usted tiene que entender a los koalas. O, para ser más precisos, hay que entender la forma en que esta especie se está muriendo de un extraño brote viral que los ha estado atacando durante los últimos 150 años más o menos. Los koalas están pasando por algo que nuestros antepasados experimentaron 31 veces en los últimos 60 millones de años. Y esos brotes virales antiguos han ayudado a hacer de nosotros lo que somos hoy.

(Queda pendiente por averiguar si atacaron a los espermatozoides o a los óvulos y en qué etapa de gestación se hizo manifiesto. Si los óvulos son visibles a simple vista y los espermatozoides son microscópicos, es de suponerse que los óvulos sufrieron más ataques que terminaron por ser asociaciones. Cuando estudié el artículo “Entrevista Discover: Lynn Margulis” me pregunté por qué hacía tanto énfasis en las bacterias y tan poco énfasis en los virus. Ahora, con este artículo queda aclarado que no fueron solo bacterias sino también virus).

Los biólogos australianos descubrieron el brote en los koalas en 1988. Estaban examinando la sangre de un koala que estaba muriendo de leucemia cuando se encontraron con un virus que infectaba las células blancas de la sangre. El retrovirus koala, como ahora se le conoce, hizo que sus anfitriones enfermaran casi de la misma manera en que los virus de la leucemia felina enferman a los gatos. Insertaban sus genes en las células inmunológicas del anfitrión, que en seguida producía nuevos virus. La infección también causó que las células se multiplicaran a un ritmo frenético. Una vez que los científicos habían encontrado el retrovirus koala, en un koala, lo buscaron en otros, y pronto lo encontraron en toda la variedad de koalas, a través de todo el sector oriental de Australia.

(Sr. Carl Zimmer, ¿por qué biólogos australianos? ¿Por qué científicos españoles? ¿Acaso fuera de Estados Unidos los líderes de científicos no tienen nombre y apellido?).

Por mucho tiempo se había sabido que los koalas tenían terribles problemas de salud. Un estudio estimó que la leucemia y el linfoma son los responsables de hasta del 80 por ciento de las muertes de los koalas. El descubrimiento del retrovirus koala le dio sentido a esta epidemia de cáncer. También explicó por qué los koalas estaban siendo devastados por la clamidia, una bacteria de transmisión sexual. Al volver cancerosos a los sistemas inmunológicos de los koalas, el virus fue dejando a los koalas abiertos a la infección por otros patógenos.

(Por eso hay más asociaciones de virus y bacterias que etapas de gestación, porque en cada etapa de asociación el ser queda desprotegido a la invasión de otras bacterias y virus).

Los científicos que estuvieron hurgando en las pieles de los koalas en los museos encontraron genes de los retrovirus tan lejanos en tiempo como a mediados de 1800, pero que aun así todavía lo hace que sea un brote bastante joven. Para averiguar de dónde vino el retrovirus koala, los científicos han comparado los genes de este, con los de otras especies de virus. Uno de los virus más similares infecta a las ratas de cola de mosaico de las praderas de Australia. El virus puede muy bien haber sido transportado de las ratas a los koalas por un mosquito o una garrapata.

Una vez que los koalas recogieron el retrovirus, comenzaron a difundirlo entre ellos mismos. Después de que los koalas jóvenes son destetados pero antes de empezaran a comer las hojas de eucalipto, se alimentan de las heces de su madre, que pueden estar cargadas con retrovirus koala. La epidemia parece haberse iniciado en el norte de Australia, donde hoy el virus es ubicuo. Desde entonces, se ha extendido hacia el sur, y hasta saltar a las islas de la costa de Australia, presumiblemente en los intestinos de los mosquitos.

A medida que se propaga, el retrovirus koala está haciendo algo más: se está fusionando genéticamente con el propio koala. En muchos koalas, los genes del virus están presentes no sólo en las células inmunes. Los koalas llevan los genes del virus en cada célula de su cuerpo, desde sus colas vestigiales a sus narices respingadas y entre todo lo que hay entre ambas partes. Cuando estos koalas se reproducen, pasan el ADN viral junto con el propio a su descendencia.

(Si cada especie tiene su propia lista de asociaciones, aunque sean las listas de asociaciones muy parecidas, como las de los simios y las de los seres humanos, las especies terminarán muy diferentes. Ya lo vimos en el artículo “La diferencia del 2 por ciento” que usted puede leer en este mismo blog).

Estos híbridos de virus koala son el resultado de una clase peculiar de infección. De vez en cuando, el retrovirus koala termina infectando a un óvulo o un espermatozoide. Inserta sus genes en el ADN de la célula anfitriona, como lo hace normalmente. Pero en lugar de producir nuevos virus que infecten a otras células, la célula sexual infectada hace algo más: se convierte en un koala nuevo. Cuando es fecundado, el óvulo que transporta el virus se divide y crece hasta convertirse en un embrión, el ADN del retrovirus koala se copia en cada nueva célula. Y cuando ese koala viralmente infundido nace, crece y se reproduce, transmite el virus también hacia la nueva generación. En muchos casos, el ADN del virus heredado todavía tiene el potencial para hacer nuevos virus que pueden infectar a otros koalas y causar cáncer en ellos.

(Por eso pregunté quien había recibido el ataque y en qué etapa de gestación se había manifestado).

El retrovirus koala continúa propagándose hoy, atacando a las últimas poblaciones no infectadas. En los próximos años, matará a muchos animales más cuando se inserte en el ADN de los supervivientes. Es probable que en algún momento todos los koalas que quedan en la Tierra lleven los genes del virus. Y en las futuras generaciones, esos genes mutarán gradualmente y perderán su capacidad para hacer nuevos virus. Finalmente, el retrovirus koala se extinguirá. Lo único que permanecerá será su ADN encarcelado.

(Y lo mostrará con una nueva etapa de gestación).

Esta fusión en curso hace al retrovirus koala diferente a casi cualquier otro virus en la Tierra hoy en día conocido por la ciencia. Pero no es singular en la historia de la vida. Cuando los científicos estudian los genomas de los humanos y otros animales, ven tramos de ADN que llevan sellos indiscutibles de virus. En muchos casos, dos especies estrechamente relacionadas compartirán el mismo ADN viral en el mismo punto en sus genomas. Ese remanente compartido de un parásito antiguo indica a los científicos que el virus infectó el antepasado común de ambas especies. Compartimos ADN viral con otros primates, lo que indica que nuestros ancestros comunes fueron invadidos por virus desde hace unos 60 millones de años.

(No son ancestros comunes, son ancestros invadidos por los mismos virus y bacterias. Por ejemplo: las hembras de los seres humanos, los simios, los delfines, los elefantes, y los rinocerontes todos llevan dos glándulas mamarias entre las extremidades anteriores o superiores producto de una asociación en común [y los machos sus respectivos pezones sin uso], sin embargo, eso no significa que somos descendientes de ellos, sólo estamos hermanados como receptores de esas mismas invasiones).

Aris Katzourakis de la Universidad de Oxford ha contabilizado todas las invasiones de los retrovirus en el genoma de nuestros antepasados. Su último total es 31. Cada una de estas invasiones pueden haber causado un brote devastador similar a lo que los retrovirus están haciendo hoy en los koalas, quizás extendiendo un cáncer inmunológico aplastante que casi llevó a nuestros ancestros primates tempranos a la extinción.

(Otra vez, tenemos el caso opuesto al de la señora Lynn Margulis, ella enfatiza a las bacterias y Katzourakis emfatiza a los virus y los dos se complementan).

Con el tiempo, estos brotes terminaron, y los virus quedaron atrapados en sus portadores. Pero no perdieron todos sus poderes virales. Aún podrían parasitar el genoma de su anfitrión. A veces, una célula haría una copia extra de los genes virales y luego la insertaría de nuevo en otra parte de su genoma. Como resultado, nuestras 31 invasiones virales dieron lugar a 100 mil trozos separados de ADN del virus. En conjunto, constituyen al menos el 8 por ciento del genoma humano.

(¿Y el porcentaje de bacterias?).

En su crepúsculo persistente, nuestros retrovirus endógenos aún pueden ser peligrosos para nuestra salud. Cuando una nueva copia de su ADN se inserta en nuestro genoma, puede interrumpir un gene esencial. Y las células cancerosas a menudo cambian los genes del virus de nuevo, probablemente usándolos para beneficio propio del cáncer. Algunas proteínas virales ayudan, por ejemplo, a los tumores a escapar de la atención del sistema inmunológico.

Por otro lado, la evolución ha domesticado algunos de estos genes de virus para nuestro propio beneficio. Uno de los genes de virus produce una proteína que es esencial para que las placentas se unan a la pared del útero. Y utilizamos otros genes de virus para combatir esos virus independientes. Algunas proteínas virales son producidas en nuestros cerebros, aunque no se sabe qué están haciendo allí, si es que algo.

Han pasado millones de años desde la última vez que adquirimos un nuevo retrovirus endógeno. Los brotes que ayudaron a construir el genoma humano son historia antigua. Pero esto no significa que un 32avo. retrovirus no se filtre en nuestro genoma. Los nuevos retrovirus tales como el VIH, que saltaron de los chimpancés a los humanos a principios de los años 1900 infectan a nuestra especie con bastante frecuencia. No podemos predecir qué especies de virus se deslizará en los óvulos y espermatozoides y nos proporcione la siguiente pieza del genoma humano, pero aquí hay un hecho que es bastante inquietante para reflexionar: Si pones un retrovirus koala en un plato de ensayo con células humanas, fácilmente las puede infectar. Los koalas pueden ser no sólo una guía de nuestro pasado. Tal vez serán parte de nuestro futuro.

Fin de traducción y comentarios al artículo “Las pandemias anteriores están en nuestros genes”.

El 15 de enero de 2007 en la revista Discover, está publicado un artículo muy interesante que en inglés lleva por título “Unintelligent Design” [El diseño no inteligente] escrito por Charles Siebert acerca de los virus [puede encontrar la traducción al español de todo el artículo en este mismo blog]. De ese artículo escogí los siguientes párrafos:

Menos organismo que una colección amontonada de partículas bioquímicas, el virus eventualmente concedió a Wendel M. Stanley, el líder del equipo de investigación que lo expuso, un premio Nobel en química en lugar de biología. El descubrimiento también activó un debate científico y filosófico intenso que todavía resuena: ¿qué es exactamente un virus? ¿Puede ser descrito adecuadamente como ser vivo? “La vida y el vivir son expresiones que los científicos han pedido prestadas del hombre común”, escribió el virólogo británico Norman Pirie. “Ahora, sin embargo, los sistemas están siendo descubiertos y estudiados, los cuales dicen que los virus obviamente no están vivos, ni tampoco obviamente muertos, y se hace necesario definir estas palabras o dejar de usarlas y acuñar otras”.

Ahora, con el reciente descubrimiento de un virus verdaderamente monstruoso, los científicos están de nuevo tratando de caracterizar mejor esas formas de vida espectrales. El nuevo virus, oficialmente conocido como Mimivirus (debido a que hace mímica a una bacteria), es una criatura “tan extraña” como lo describió el London Telegraph, “y diferente a todo lo demás visto por los científicos que podría calificar como un nuevo dominio en el árbol de la vida”. Ciertamente, el Mimivirus es mucho más complejo genéticamente que todos los demás virus conocidos previamente, sin dejar de mencionar una gran cantidad de bacterias, que pareciera exigir un dramático redimensionamiento del árbol de la vida.

“Esta cosa muestra que algunos virus son organismos que tienen un ancestro que era mucho más complejo de lo que son ahora”, dice Didier Raoult, uno de los líderes del equipo de investigación de la Universidad Mediterránea en Marsella, Francia, quien identificó el virus. “Tenemos mucha evidencia con el Mimivirus de que el fillum del virus es cuando menos tan antiguo como otras ramas de la vida y que los virus fueron involucrados muy al inicio de la emergencia evolucionaria de la vida”.

Eso representa un cambio radical en el pensamiento acerca del origen de la vida: los virus, desde hace mucho considerados los secuestradores de la biología, resultan ahora ser la fuerza formativa de ésta.

Estas sorprendentes noticias llegan en un momento cuando los hechos básicos del origen de la evolución parecieran haber caído en un marasmo. En las discusiones del diseño inteligente, uno escucha con ansiedad la historia antigüa de la creación, en la cual una entidad singular se movió para crear formas de vida complejas —humanos en particular. Ahora los virus parecen presentar una historia de la creación muy propia: un diseño definitivamente sorprendente no inteligente del cual la vida se creó más por accidentes tontos que por intento original, a través de una acumulación de errores genéticos llevados a cabo por hordas de máquinas microscópicas reproductoras. Nuestra descendencia a partir de los monos es la mínima parte de ésta. Con el descubrimiento de los Mimivirus, los científicos están cerca de describir a los virus con el último rol que cualquiera pudiera haber concebido de ellos: la fuerza primaria de la vida.

(La teoría de evolución que yo propongo no ha cambiado en nada: La evolución se repite en los procesos que se llevan a cabo en testículos, ovarios y hueveras, y en la matriz [durante la gestación], cada especie de acuerdo a sí misma. Lo único que estoy haciendo es dar un versión científica a esas palabras dado que la Biblia no fue diseñada para dar explicaciones científicas. La expresión “Nuestra descendencia a partir de los monos es la mínima parte de ésta”, no tiene cabida, dado que no descendemos de ellos. En las listas de asociaciones de virus y bacterias de ambas especies compartimos muchas de ellas. Nada más).

Disponible para pláticas sobre mi teoría

Félix Rocha Martínez
Saltillo, Coahuila, México
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Response to Turning Fins Into Hands
viernes, enero 25, 2013, 04:51 AM
i57b Turning Fins Into Hands, January 25, 2013

The following article is a transcription of one written by Carl Zimmer by the name of “Turning Fins Into Hands” and was published on line by Discover, December 10, 2012. At the end you will find my commentaries titled “Felix Rocha-Martinez’s way of Turning Fins Into Hands.”

Turning Fins Into Hands

Your hands are, roughly speaking, 360 million years old. Before then, they were fins, which your fishy ancestors used to swim through oceans and rivers. Once those fins sprouted digits, they could propel your salamander-like ancestors across dry land. Fast forward 300 million years, and your hands had become fine-tuned for manipulations: your lemur-like ancestors used them to grab leaves and open up fruits. Within the past few million years, your hominid ancestors had fairly human hands, which they used to fashion tools or digging up tubers, butchering carcasses, and laying the groundwork for our global dominance today.

We know a fair amount about the transition from fins to hands thanks to the moderately mad obsession of paleontologists, who venture to inhospitable places around the Arctic where the best fossils from that period of our evolution are buried. (I wrote about some of those discoveries in my first book, At the Water’s Edge.)

By comparing those fossils, scientists can work out the order in which the fish body was transformed into the kind seen in amphibians, reptiles, birds, and mammals–collectively known as tetrapods. Of course, all that those fossils can preserve are the bones of those early tetrapods. Those bones were built by genes, which do not fossilize. Ultimately the origin of our hands is a story of how those fin-building genes changed, but that’s a story that requires more evidence than fossils to tell.

A team of Spanish scientists has provided us with a glimpse of that story. They’ve tinkered with the genes of fish, and turned their fins into proto-limbs.

Before getting into the details of the new experiment, leap back with me 450 million years ago. That’s about the time that our early vertebrate ancestors–lamprey-like jawless fishes–evolved the first fins. By about 400 million years ago, those fins had become bony. The fins of bony fishes alive today–like salmon or goldfish–are still built according to the same basic recipe. They’re made up mostly of a stiff flap of fin rays. At the base of the fin, they contain a nubbin of bone of the sort that makes up our entire arm skeleton (known as endochondral bone). Fishes use muscles attached to the endochondral bone to maneuver their fins as they swim.

Our own fishy ancestors gradually modified this sort of fin over millions of years. The endochondral bone expanded, and the fin rays shrank back, creating a new structure known as a lobe fin. There are only two kinds of lobe fin fishes left alive today: lungfishes and coelacanths. After our ancestors split off from theirs, our fins became even more limb like. The front fins evolved bones that corresponded in shape and position to our ulna and humerus.

A 375-million-year-old fossil discovered in 2006, called Tiktaalik, had these long bones, with smaller bones at the end that correspond to our wrist. But it still had fin rays forming fringe at the edges of its lobe fin. By 360 million years ago, however, true tetrapods had evolved: the fin rays were gone from their lobe fins, and they had true digits. (The figure I’m using here comes from my more recent book, The Tangled Bank.)

Both fins and hands get their start in embryos. As a fish embryo grows, it develops bumps on its sides. The cells inside the bumps grow rapidly, and a network of genes switches on. They not only determine the shape that the bump grows into, but also lay down a pattern for the bones which will later form.

Scientists have found that many of the same genes switch on in the limb buds of tetrapod embryos. They’ve compared the genes in tetrapod and fish embryos to figure out how changes to the gene network turned one kind of anatomy into the other.

One of the most intriguing differences involves a gene known as 5′Hoxd. In the developing fish fin, it produces proteins along the outer crest early on in its development. The proteins made from the gene then grab other genes and switch them on. They switch on still other genes, unleashing a cascade of biochemistry.

Back when you were an embryo, 5′Hoxd also switched on early in the development of your limbs. It then shut off, as it does in fish. But then, a few days later, it made an encore performance. It switched back on along the crest of the limb bud a second time. This second wave of 5′Hoxd marked a new pattern in your limb: it set down the places where your hand bones would develop.

Here, some scientists proposed, might be an important clue to how the hand evolved. It was possible that mutations in our ancestors caused 5′Hoxd to turn back on again late in development. As a result, it might have added new structures at the end of its fins.

If this were true, it would mean that some of the genetic wherewithal to build a primitive hand was already present in our fishy ancestors. All that was required was to assign some genes to new times or places during development. Perhaps, some scientists speculated, fishes today might still carry that hidden potential.

Recently Renata Freitas of Universidad Pablo de Olavide in Spain and her colleagues set out to try to unlock that potential. They engineered zebrafish with an altered version of the 5′Hoxd gene, which they could switch on whenever they wanted by dousing a zebrafish embryo with a hormone.

The scientists waited for the fishes to start developing their normal fin. The fishes expressed 5′Hoxd at the normal, early phase. The scientists waited for the gene to go quiet again, as the fins continued to swell. And then they spritzed the zebrafish with the hormone. The 5′Hoxd gene switched on again, and started making its proteins once more.

The effect was dramatic. The zebrafish’s fin rays became stunted, and the end of its fin swelled with cells that would eventually become endochondral bone.

These two figures illustrate this transformation. The top figure here looks down at the back of the fish. The normal zebrafish is to the left, and the engineered one is to the right. The bottom figure provides a close-up view of a fin. The blue ovals are endochondral bone, and the red ones display a marker that means they’re growing quickly.

One of the most interesting results of this experiment is that this single tweak–a late boost of 5′Hoxd–produces two major effects at once. It simultaneously shrinks the outer area of the fin where fin rays develop and expands the region where endochondral bone grows. In the evolution of the hand, these two changes might have occurred at the same time.

It would be wrong to say that Freitas and her colleagues have reproduced the evolution of the hand with this experiment. We did not evolve from zebrafishes. They are our cousins, descending from a common ancestor that lived 400 million years ago. Ever since that split, they’ve undergone plenty of evolution, adapting to their own environment. As a result, a late boost of 5′Hoxd was toxic for the fishes. It interfered with other proteins in the embryos, and they died.

Instead, this experiment provides a clue and a surprise. It provides some strong evidence for one of the mutations that turned fins into tetrapod limbs. And it also offers a surprise: after 400 million years, our zebrafish cousins still carry some of the genetic circuits we use to build our hands.

Felix Rocha-Martinez’s way of Turning Fins Into Hands

In March 1997's issue of Discover magazine, page 52, there is an article titled “When Life Was Odd”, from it I am extracting the following information:

1. The Ediacarans have been a source of scientific puzzlement since they were discovered more than a century ago. They were named after the hills in southern Australia that harbor a large cache of the fossils that was found in 1940, but Ediacaran impressions are found in rocks all over the world.

2. These impressions in rocks have been found in England, Africa, Russia, Canada, Mexico and in many other places, they range in size from a fraction of an inch long to several feet. Many are marked with radiating, concentric, or parallel creases; others are inscribed within filigree of delicate branches. They seem to have no heads or tails, insides or outsides, fronts or backs; had no obvious circulatory, nervous or digestive systems. They were without teeth, eyes and almost everything we recognize in a body, including bones, muscles, mouths and internal organs. In the middle they had a depression that would indicate that whatever made it had a bulge. The Ediacarans are nearly impossible to classify. Paleontologists can not even agree on whether they were animals or vegetables, single-celled or multi-cellular. The fossils have in the middle a depression that would indicate a bulge in whatever caused such impression.

3. They constitute the earliest and oddest examples of complex life and are interesting in their own right. They have the appearance of a deformed coin.

4. They were first found in the 1860's in a quarry in England and were dismissed as inorganic material. Then in the 1940's they were found in the Ediacara Hills, in southern Australia, from where they get their name. The most famous was an Ediacaran named Dickinsonia that could be the size of a tack or as large as a tablecloth. In the 1950's, the Australian Paleontologist Martin Glaessner of the University of Adelaide made the bold assertion that most of the Ediacaran organisms were the earliest members of animal families still alive today. This concept prevailed until 1982.

In one of the stages of gestation we have the appearence of a 2 layered deformed coin and by the process of invagination we aquire a bump running through the middle of the waffer. Could it be that the bump we have in that stage of gestation is the depression of the Dikinsonia?

With the new evolutionary theory by jumps that is here proposed, science will have a tool that could well help resolve some of the unknown factors presented about the Ediacarans. Surely, we have to study the development and gestation of species after species and have a gigantic comparative with all the images of the process and compare the found Ediacarans with those images.

In the following mutation, the elliptic waffer folded up itself along the major axis, welding the edges. One end of the flat elliptic formation was transformed into a head and the other end into a tail. The central interior part of this cylindrical formation, became a simple digestive system. The mutation has the appearance of a sea horse: big head and tail, a potbelly and without extremities.

Definitely, all human beings passed through a stage of evolution with the appearance of a sea horse. From this transformation, we all carry the evidence of the mutation.

Strange likeness, sea horses are similar to one of our gestation [evolution] stages.

Everybody, male and female, and all other mammals, have a scar that goes from the throat all the way down to the genital zone. Every time we have two skins being stitched together, we have a scar —that’s why my book is named “Scars”, they are the vestiges that remind us of our evolution without depending on fossils, and everybody has them. By the way, in women when they are in last months of pregnancy, it seems that the belly is going to burst open by the scar, but, of course, it never happens. Also men with a hairy chest have a partition line in which the hairs get closer or separated precisely over the scar. Did we have branquia and a large intestine at this stage? If we had branquia, that would also settle the question of aquatic origin. If we had only small intestine that would settle the question of the origin of the appendix. In another mutation the large intestine was pegged on not at the end, in the annus, but higher up. That distance of small intestine from the old annus to where the large intestine was pegged on was transformed into an appendix. At this point of evolution we had gonads close to the kidneys and we were self reproducing, the same as some of the sea horses.

As you can see, in this gestation, evolution, stage, there is not any evidence of the existence of extremities.

The book: "Embriología Humana" (Human Embryology), of PhD Keith L Moore, and translated to Spanish by PhD Homero Vela Treviño, on page 327, it shows figure 17-1 and its description:

A. Bud of an arm. B. Plaque of a hand in paddle. C. Digital rays. D. Membranes between digital rays. E. Fingers united by membranes. F. Separated fingers. G. Bud of a leg. H. Plaque of a foot in paddle. I. Digital rays. J. Membranes between digital rays. K. Fingers united by membranes. L. Separated fingers.

B. Fig. 17-1 Schemes in which it is illustrated the different stages of development of hands and feet from the fourth to the seventh week. The first stages are similar for hands and feet, to the exception of the development of the hands before the feet by a few days.

With this information I do not have to work out, define, infer, decipher the order of the changes. Nature is showing it with all clarity. All we have to do is to learn to listen and observe nature.

Question: Where are Darwinists going to find fossils stage by stage of evolution that does not force them to work out, define, infer, decipher the order of the changes?

With my theory, there, in the processes carried out in the ovaries, testicles, spawn and gestation, each species according to its own, you can find the whole binnacle of evolution.

Without a doubt, in this study the author gets close, occasionally, to my concepts. Nevertheless, immediately he lets it be known that he does not know the pattern of changes.

When will Darwinists prefer the shame of having been wrong for so long and participate in the new studies, than the shame of continuing being wrong and stay in the past?

Available for talks over my theory

Felix Rocha-Martinez
Saltillo, Coahuila, Mexico
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